회사 실무와 놀자
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회사합병에 따른 근저당권이전과 등록면허세 감면여부

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2025-05-15

합병으로 소멸회사의 근저당권을 존속회사에 이전할 때에도 등록면허세를 내야 할까요?

결론

현재는 회사합병을 원인으로 한 근저당권 이전에 등록면허세 감면 규정이 없어 세를 납부해야 합니다.

구체적으로 채권최고액의 1000분의 2에 해당하는 등록면허세와 등록면허세의 100분의 20에 해당하는 지방교육세를 부담합니다.

지방세특례제한법에서 합병에 따른 등록면허세 감면조항은 사라지고 취득세 감경조항만 남았기 때문입니다.

합병을 원인으로 소유권을 이전할 때에는 적격합병의 경우 취득세가 감경되므로 소유권 취득과 담보권 이전의 세 부담이 서로 갈립니다.

1. 합병하면 소멸회사의 근저당권은 어떻게 되나요?

주식회사 높이나는새가 주식회사 생각의끝을 합병합니다. 합병을 하면 존속회사가 소멸회사의 권리의무를 포괄적으로 승계합니다. 소멸회사가 근저당권자일 경우 합병에 따라 이 근저당권을 존속회사로 이전합니다. 이를 근저당권이전이라 하며, 근저당권 이전의 원인은 회사합병입니다. 그러면 합병을 원인으로 하여 소멸회사의 근저당권을 존속회사로 이전할 경우 등록면허세가 감면될 것인지가 문제가 됩니다. 합병을 원인으로 소유권을 이전할 때에는 적격합병의 경우 취득세가 감경되고, 오래 전에는 근저당권 이전을 이전할 때에도 등록면허세가 감면되었기 때문입니다.

법인세법 제44조 제2항(합병 시 피합병법인에 대한 과세)② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.
이하 조문 전문은 국가법령정보센터에서 보실 수 있습니다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101

2. 근저당권 이전에도 등록면허세 감면이 되나요?

그런데 오래 전에 지방세특례제한법에서 합병에 따른 등록면허세 감면조항이 없어졌고, 취득세 감경조항만 남았습니다. 그래서 지금은 회사합병에 따른 근저당권을 이전할 때에도채권채고액의 1000분의 2에 해당하는 등록면허세와 등록면허세의 100분의 20에 해당하는 지방교육세를 납부해야 합니다.

취득세 감경 규정은 지방세특례제한법 제57조의2가 그대로 두고 있어, 합병에 따른 소유권 취득과 담보권 이전의 세 부담이 서로 갈립니다.

자주 묻는 질문

적격합병인 경우와 아닌 경우, 근저당권 이전의 등록면허세는 무엇이 다른가요?
차이가 없습니다. 적격합병 여부와 관계없이 근저당권 이전에는 감면 규정이 없어 채권최고액의 1000분의 2의 세율이 그대로 적용됩니다.
근저당권 이전의 원인은 무엇으로 표시하나요?
합병을 원인으로 합니다. 합병을 하면 존속회사가 소멸회사의 권리의무를 포괄적으로 승계하므로 소멸회사의 근저당권을 존속회사로 이전합니다.
합병 등기를 준비할 때 근저당권 이전 분의 등록면허세와 지방교육세를 미리 계산해 세액 납부 일정을 등기 일정에 맞추는 것이 실무의 출발점입니다.
한길합동법무사사무소(강남역 사무소)서울 강남구 강남대로84길 23, 207호02-552-8373hangil@gillaw.net법무사 염춘필 권점희 박용일사업자등록번호 220-05-31553
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