현물출자 후 감면된 취득세와 이월과세된 양도소득세를 납부해야 하는 경우(사후관리요건)

1. 사후관리요건을 왜 따로 다루는가

현물출자로 법인전환을 하면 양도소득세 이월과세와 취득세 감면이라는 혜택을 받지만, 그 혜택에는 일정 기간 사후관리요건이 따라붙습니다. 이 글은 그 요건이 어긋났을 때 어떤 세금을 다시 납부하게 되는지를 정리합니다.

2. 사업을 폐지하거나 주식을 처분하면 양도소득세를 언제 납부해야 하나요

양도소득세 이월과세에 대한 조세특례제한법 사후관리요건에 관한 규정

사업 폐지의 판단기준은 시행령이 정하고 있습니다.

제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)

⑥ 법 제32조제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 “전환법인”이라 한다)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조제5항제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. 전환법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우

2. 전환법인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분 한 경우

3. 삭제 <2018. 2. 13.>

4. 전환법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우

3. 취득세 감면은 언제 추징되나요

취득세 추징에 관한 지방세특례제한법의 사후관리요건

감면 추징의 예외가 되는 「대통령령으로 정하는 정당한 사유」는 시행령이 별도로 열거하고 있습니다.

제28조의2(법인 합병의 범위 등)

③ 법 제57조의2제4항 단서에서 “대통령령으로 정하는 정당한 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 해당 사업용 재산이 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 따라 수용된 경우

2. 법령에 따른 폐업ㆍ이전명령 등에 따라 해당 사업을 폐지하거나 사업용 재산을 처분하는 경우

3. 「조세특례제한법 시행령」 제29조제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우

4. 「조세특례제한법」 제32조제1항에 따른 법인전환으로 취득한 주식의 100분의 50 미만을 처분하는 경우

4. 사후관리요건에서 주의할 점

사업이 폐지될 경우 이월과세된 양도소득세를 납부하고, 감면된 취득세도 추징합니다. 취득한 사업용고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 사업의 폐지로 봅니다. 다만 합병, 인적분할, 물적분할로 현물출자한 자산을 처분한 경우에는 사업의 폐지로 보지 않습니다. 여기에 대전제, 적격합병과 적격분할을 전제로 합니다. 비적격합병, 비적격분할일 경우에는 사업의 폐지 로 봅니다. 이점 주의하셔야 합니다.

예를 들어 제조업을 하던 개인기업이 제조업에 공여된 부동산을 포함하여 현물출자를 했는데, 5년 이내에 이 부동산을 임대하게 되면 이 또한 해당 부동산을 처분한 것으로 보는 것도 알아 둘 만 합니다.

가, 나, 다가 제조업을 공동으로 운영하고 있던 중 현물출자를 하여 법인으로 전환했습니다. 그 중에 '나'가 가지고 있던 주식55%를 처분했습니다. 이때에도 이를 처분으로 볼 것인지가 문제입니다. 전체 주식에서는 20%밖에 되지 않습니다. 개인을 기준으로 처분주식수를 계산할 것인지, 전체 주식수를 기준으로 처분 주식수를 계산할 것인지가 문제입니다. 개인주식수를 기준으로 계산합니다. 이 점도 기억해 두실 만 합니다.

(2024년 7월 26일 추가 : 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우 양도소득세를 납부해야 하며, 취득세 감경분도 납부해야 합니다. 그런데 양도소득세는 양도인이 개별적으로 내는 것이므로 양도인이 수인일 경우 양도인 각각을 기준으로 취득한 주식의 100분의 50 이상을 처분했을 때 그 처분자가 양도소득세를 납부해야 함에 의문이 없으나, 취득세는 양도인이 아닌 회사가 납부하는 것이므로 각각의 양도인의 주식이 100분의 50 이상을 처분했는지가 기준이 아니라, 양도인 전체가 취득한 주식의 100분의 50 이상이 처분했는지를 기준으로 판단해야 한다는 견해가 있는데 개인적으로는 이 견해가 타당하다고 생각합니다.)

5. 현물출자 후 주식을 매각한 경우 추징 여부에 대한 질의회신

현물출자 취득세 감면 후 주식을 매각한 경우 추징 여부에 대한 행자부 질의회신 지방세특례제도과-2351호(20211021) 취득세 현물출자 취득세 감면 후 주식을 매각한 경우 추징 여부

지방세특례제한법 제57조의2 제3항제3호 답변요지 피출자법인이 현물출자로 부동산 취득세를 감면받고 출자법인은 현물출자를 원인으로 취득한 주식을 다음 날 제3자에게 49.9%를 양도하였다 하더라도, 발행주식 총수의 100분의 50 이상을 보유하고 있는 경우 대통령령이 정하는 부득이한 사유에 해당하여 지분의 연속성이 인정되는 “적격현물출자” 요건을 충족한 것이므로 취득세 감면대상에 해당된다 판단됨

질의와 회신의 내용을 차례로 보겠습니다.

<질의요지> ○ 舊「지방세특례제한법」제57조의2 제3항제3호에서는 “「법인세법」제47조의2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 재산에 대해서는 취득세 등을 면제한다”고 규정하고 있는바, 현물출자된 부동산 취득세를 면제받고, 출자일 다음 날 취득한 주식(지분율 100%) 중 49.9%를 제3자 법인에게 양도한 경우,「법인세법」제47조의2제1항 단서의 “부득이한 사유” 에 해당하는 것으로 보아 추징대상에서 배제되는지 여부

가. 舊「지방세특례제한법」(법률 제16041호, 2018. 12. 24. 개정되기 전의 것)제57조의2 제3항제3호에서는 「법인세법」 제47조의2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 재산에 대해서는 취득세를 면제한다고, 舊「법인세법」(법률제16008호, 2018. 12. 24., 개정되기 전의 것) 제47조의2 제1항에서 양도차익을 손금에 산입할 수 있는 현물출자의 범위에 대하여 “내국법인이 다음 각 호의 요건을 갖춘 현물출자를 하는 경우”라고 규정하면서 각 호에 대하여

1. 출자법인이 현물출자일 현재 5년 이상 사업을 계속한 법인일 것,

2. 피출자법인이 그 출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 출자법인이 현물출자한 자산으로 영위하던 사업을 계속할 것,

3. 다른 내국인 또는 외국인과 공동으로 출자하는 경우 공동으로 출자한 자가 출자법인의 특수관계인이 아닐 것,

4. 출자법인이 현물출자일 다음 날 현재 피출자법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 80 이상의 주식등을 보유하고, 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것을 명시하고,본문 각 호중 제2호(사업의 계속성) 및 제4호(지분의 연속성)의 요건을 충족하지 못한 경우에도 “부득이한 사유가 있는 경우”에 해당한다면 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입할 수 있고, 「법인세법 시행령」(대통령령 제28640호, 2018.2.13., 개정되기 전의 것)제84조의2 제11항제1호에서는 법 제47조의2 제1항제4호의현물출자 요건을 갖추지못한 경우에도 「법인세법 시행령」제84조의2 제11항제1호에서 “출자법인 등이 제80조의2 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우”에는 “대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”라고 규정하고 있습니다.

나. 적격합병의 요건 등을 열거한 「법인세법 시행령」제80조의2 제1항은「법인세법」

제47조의2(현물출자)를 포함하여

제44조(법인합병),

제46조(인적분할),

제47조(물적분할) 등 법인의 현물출자, 합병, 분할시 요건을 갖추지 못한 경우 부득이한 사유에 대하여 통합적으로 열거하면서, “가 목”에서 피합병법인의 지배주주등이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의1 미만을 처분한 때에는 부득이한 사유가 있는 경우에 해당한다고 규정하고 있고, 상기 조문에서 대통령령이 정하는 부득이한 사유란 “각 목의 어느 하나에 해당하는 경우”라고 명시하고 있어 부득이한 사유의 주체 및 요건에 대하여문구상 “피합병법인의 지배주주”와 “합병”으로 명시하고 있다 하더라도 이를 법인합병으로만 한정하기 보다는, 법인분할 또는 현물출자시 과세특례 적용에서도 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로 의제하여 보는 것이타당하며,「법인세법」제47조의2 제3항에서 규정하는 취득일로부터 3년 이내

①피출자법인이 현물출자한 자산으로 영위하던 사업을 폐지하거나,

②출자법인등이 피출자법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50 미만으로 주식등을보유하게 되는 경우 감면된 취득세를 추징한다는 추징요건과 문맥상으로도 일치된다 할 것입니다. 다.「지방세특례제한법」제57조의2 제3항제3호에서는 “현물출자”에 대해 취득세감면을 규정하고 있으나, 용어의 정의나 구체적 범위에 대하여 별도의 규정을두고 있지 않고, 취득세 면제대상인 현물출자의 감면 성립요건을 “「법인세법」제47조의2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 재산”이라고만 명시하고 있으며, 같은 조 단서 추징요건의 괄호와 같이 “단서에 해당하는 경우는 제외한다”는등의 지방세와 관련하여 별도의 규정을 두고 있지 않으므로 감면요건인 “현물출자”의 범위는「법인세법」제47조의2에서 규정하는 각 호의 요건은 물론 단서 조문을 포함하므로 취득세 감면대상인 현물출자의 범위와 법인세과세특례 대상인 현물출자의 범위를 달리 볼 수 없다 할 것입니다.

라. “현물출자”란 회사의 설립이나 신주 발행시 금전 이외의 재산을 출자하고 대가로 주식이나 지분을 배정받는 것으로, 현물출자된 사업용 부동산은 사업의 운영형태만 변경한 것에 불과하고 종전과 같은 사업용 재산으로 계속 제공되어 사업의 계속성과 지분의 연속성이 유지되는 경우 출자법인에게는 법인세 양도소득에 대한 과세이연과 피출자법인에게는 취득세 등의 면제혜택을 부여함으로서 원활한 기업의 구조조정 지원을 위한 것이고,「법인세법」에서는 적격현물출자(47조의2 각 호의 요건을 갖춘 현물출자)의 요건 중 지분의 연속성에 대하여 지배주주가 현물출자로 취득한 주식의 일부를 처분한다 하더라도 주식 등의 100분의 50 이상을 계속하여 보유하는경우 부득이한 사유로 보아 지분의 연속성을

인정하고 있으며, 이와 관련하여, 국세청에서는 “현물출자법인이 현물출자일이 속한 사업연도에 현물출자로 교부받은 주식의 1/2 미만을 처분할 경우 「법인세법」제47조의2제1항 각 호 외의 단서규정이 적용되는 것(국세청 법인세과-701, 2011.9.23.)”이라 유권해석하고 있습니다.

마. 살피건대, 「지방세특례제한법」에서는 취득세 감면대상인 현물출자의 모든요건을 「법인세법」제47조의2에 위임하고 있고, 「법인세법 시행령」제80조의2 제1항에서 기업의 구조조정과 관련된 법인합병, 분할, 현물출자 요건 중부득이한 사유를 통합적으로 열거하면서 ‘각 목의 어느 하나에 해당하는 경우’라 규정하고 있음에도 “현물출자”의 경우를 적용 제외하는 것은 법령의 입법 취지에도 어긋나며, 「법인세법」에서는 현물출자 과세이연 요건의 중단사유에 대하여 사업을 폐지하거나 주식의 2분의 1 이상을 처분한 경우라 규정한 문맥과도 상충된다 할 것인바, 피출자법인이 현물출자로 부동산 취득세를 감면받고 출자법인은 현물출자를 원인으로 취득한 주식을 다음 날 제3자에게 49.9%를

양도하였다 하더라도, 발행주식 총수의 100분의 50 이상을 보유하고 있는 경우 대통령령이 정하는 부득이한 사유에 해당하여 지분의 연속성이 인정되는 “적격현물출자” 요건을 충족한 것이므로 취득세 감면대상에 해당된다 판단됩니다.

바. 다만, 이는 질의 당시 서면 및 사실관계를 바탕으로 판단한 해석으로서 추가사실확인 등 변동이 있을 시는 당해 과세권자가 면밀한 조사를 통해 결정할 사안입니다. 끝.