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조직변경을 할 때 납부해야 할 등록면허세(조세심판례)

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2026-02-03

주식회사를 유한회사로 조직변경할 때 등록면허세를 설립세율로 내도 될까요?

결론

주식회사에서 유한회사로 조직변경하는 경우 법인격의 동일성이 유지되고 신규출자가 발생하지 않으므로, 등록면허세는 설립세율이 아니라 기타등기 세율로 산정합니다.

따라서 출자금액의 1,000분의 4가 아니라 건당 23,000원을 적용합니다.

조세심판원은 해산등기와 설립등기를 거치더라도 이는 유한회사 등기기록을 새로 개설하는 방편일 뿐 신규 법인설립이 아니라고 보아, 설립세율을 전제로 한 경정청구 거부처분을 취소했습니다.

1. 조직변경 등기에 어느 세율이 적용되나요

주식회사에서 유한회사로 조직변경에 따른 등록면허세 산출시 법인설립에 따른 세율(자본금의 1,000분의 4)을 적용할 것인지, 아니면 기타등기세율(건당 23,000원)을 적용할 것인지 여부

「상법」상 주식회사의 유한회사로의 조직변경은 주식회사가 법인격의 동일성을 유지하면서 유한회사로 되는 것이고, 신규출자가 이루어지지 아니하는 점을 고려할 때 설립등기(자본금의 1,000분의 4)에 대한 등록면허세 적용대상으로 볼 수는 없다 하겠으므로 기타등기에 해당하는 등록세율(건당 23,000원)을 적용하는 것이 타당함

지방세법 제28조 제1항(세율)① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다. <개정 2010.12.27, 2011.3.29, 2011.12.2, 2011.12.31, 2013.1.1, 2013.3.23, 2014.1.1, 2014.11.19, 2015.7.24, 2015.12.29, 2016.2.29, 2016.12.27, 2017.7.26, 2017.12.26, 2019.8.27>1. 부동산 등기이하 조문 전문은 국가법령정보센터에서 보실 수 있습니다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101

2. 사건 경위

1. 처분개요

나. 이후 청구법인은 2012.12.3. 조직변경에 따른 등록면허세는 「지방세법」 제28조제1항 제6호 바목의 세율 OOO 을 적용하여야 한다는 취지로 경정청구 하였으나, 이에 대해 처분청은 2012.12.4. 거부처분 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.1.9. 이의신청을 거쳐 2013.6.24. 심판청구를 제기하였다.

3. 납세자와 과세관청의 주장은 어떻게 갈렸나요

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

대법원 판례를 통한 법의 해석은 조세법의 법원성을 가진다 할 것인 바, 주식회사에서 유한회사로 조직변경에 따른 등록면허세는 「지방세법」 제28조제1항 제6호 바목의 세율을 적용하여야 한다고 판시 (OOOOOOOOO, OOOOOOOOO OO) 한 바 있는데도 처분청이 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하여 법원이 될 수 없는 「지방세법 기본통칙」 (지법 28-7) 을 근거로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하고,

지방세기본법 제20조 제3항(해석의 기준 등)③ 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위나 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.
법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260205

나. 처분청 의견

「상법」 등에서 주식회사에서 유한회사로 조직을 변경할 때에는 기존 주식회사에 대해서 해산등기를, 변경 후 유한회사에 대해서는 설립등기를 하도록 규정하고 있어 이 경우 조직변경을 통해 신규 법인설립에 해당되므로 법인 설립등기에 따른 등록세율을 적용하는 것이 타당하고, 「지방세기본법」 제20조제3항에 “ 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니 한다 ” 라고 규정하고 있어 청구법인이 제시한 대법원 판례를 소급하여 적용하지 아니한 것은 정당하므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

4. 조직변경은 신규 법인설립인가요

결정의 핵심은 조직변경의 법적 성격을 어떻게 보는가에 있습니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

주식회사에서 유한회사로 조직변경에 따른 등록면허세율 적용이 적법한지 여부

(1) 주식회사 OOO 은 1995.9.2. 설립되어 2011.12.15. 청구법인으로 조직변경하고 해산하였고, 같은 날 청구법인은 주식회사 OOO 을 조직변경하여 설립된 사실에 대해서는 처분청과 청구법인 모두 인정하고 있다.

(2) 「지방세법」 제28조제1항 제6호 가목 및 바목의 규정에 따르면 법인 등기 중 영리법인의 설립에 대해서는 납입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의 1 천분의 4OOO 의 세율을 적용한 금액을, 가목부터 마목까지 해당하지 아니하는 그 밖의 등기에 대해서는 건당 OOO 의 금액을 각각 세액으로 하도록 되어 있다.

(3) 「상법」상 주식회사의 유한회사에의 조직변경은 주식회사가 법인격의 동일성을 유지하면서 조직을 변경하여 유한회사로 되는 것임에도 주식회사의 해산등기 후에 유한회사의 설립등기를 하는 것은 유한회사의 등기기록을 새로 개설하는 방편일 뿐이고, 주식회사가 해산하고 유한회사가 설립되기 때문이 아니며, 이러한 조직변경이 있더라도 신규출자가 이루어지지 아니하므로 이러한 점들을 종합하여 볼 때, 주식회사의 조직변경에 따른 유한회사의 설립등기는 「지방세법」 제28조제1항 제6호 가목의

1) 의 적용대상이라고 할 수 없다 할 것 OOO 이므로 같은 법 제28조제1항 제6호 바목 세율 OOO 의 적용대상이라 할 것이다 (OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO).

상법 제604조(주식회사의 유한회사에의 조직변경)①주식회사는 총주주의 일치에 의한 총회의 결의로 그 조직을 변경하여 이를 유한회사로 할 수 있다.
그러나 사채의 상환을 완료하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.②전항의 조직변경의 경우에는 회사에 현존하는 순재산액보다 많은 금액을 자본금의 총액으로 하지 못한다. <개정 2011.4.14>이하 조문 전문은 국가법령정보센터에서 보실 수 있습니다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260723
상법 제606조(조직변경의 등기)주식회사가 제604조에 따라 그 조직을 변경한 때에는 본점의 소재지에서 2주일 내에 주식회사의 해산등기, 유한회사의 설립등기를 하여야 한다.
법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260723

(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합해 볼 때, 청구법인은 2011. 12.15. 주식회사 OOO 을 조직변경하여 설립된 사실이 인정되는 바, 위 조직변경 등기에 대한 등록면허세율은 「지방세법」 제28조제1항 제6호 바목 세율 OOO 의 적용대상에 해당하는데도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

5. 결론

4. 결 론

이 건 심판청구는 이유 있으므로 「지방세 기본법」 제123조제4항과 「국세기본법」 제81조및 제65조제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

자주 묻는 질문

설립세율로 초과 납부한 등록면허세를 돌려받으려면 어떤 절차를 거쳐야 하나요?
경정청구를 하고 거부처분을 받으면 이의신청을 거쳐 심판청구로 불복할 수 있습니다. 이 사건 청구법인도 이 같은 절차를 거쳐 결정을 받았습니다.
조직변경 등기에 따른 등록면허세는 설립세율이 아니라 기타등기 세율인 건당 23,000원으로 산출합니다. 이미 설립세율로 납부했다면 경정청구로 바로잡습니다.
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