창업중소기업에 대한 지방세 감면

1. 창업중소기업은 어떤 지방세를 얼마나 감면받나요

수도권 과밀억제 권역 외에서 법무사업을 하고 계신 분이라면 창업중소기업에 등에 대한 지방세 감면규정을 잘 알아 두는 것이 좋습니다. 관련 지방세특례제한법과 조세심판례를 소개합니다.

창업벤처중소기업도 같은 구조로 감면을 받는데, 기준일이 창업일이 아니라 최초로 벤처기업 확인을 받은 확인일이라는 점이 다릅니다.

② 2026년 12월 31일까지 창업하는 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 “창업벤처중소기업”이라 한다)이 최초로 확인받은 날(이하 이 조에서 “확인일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업벤처기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다. <개정 2020. 12. 29., 2023. 3. 14., 2023. 12. 29., 2024. 1. 9.>

2. 법인설립 등기 때 등록면허세 면제는 지금도 적용되나요

적용되지 않습니다. 등록면허세 면제는 2020년 12월 31일까지 창업하는 경우에만 붙은 시한이어서, 지금 창업하는 기업은 이 규정의 적용 대상이 아닙니다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대해서는 등록면허세를 면제한다. <개정 2015. 12. 29., 2016. 12. 27., 2017. 12. 26., 2024. 1. 9.>

1. 2020년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업의 법인설립 등기(창업일부터 4년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다) 2. 2020년 12월 31일까지 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제2조의2제1항제2호다목에 따라 창업 중에 벤처기업으로 확인받은 중소기업이 그 확인일부터 1년 이내에 하는 법인설립 등기

3. 어떤 업종이 감면 대상 업종인가요

④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다. 이 경우 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 업종은 「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 업종으로 한다. <개정 2020. 12. 29., 2021. 8. 17., 2024. 2. 27., 2024. 12. 31., 2025. 10. 1.>

1. 1. 광업
2. 2. 제조업
3. 3. 건설업
4. 4. 정보통신업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업종은 제외한다.
5. 가. 비디오물 감상실 운영업
6. 나. 뉴스 제공업
7. 다. 가상자산 매매 및 중개업
8. 5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 전문, 과학 및 기술 서비스업(대통령령으로 정하는 엔지니어링사업을 포함한다)
9. 가. 연구개발업
10. 나. 광고업
11. 다. 기타 과학기술서비스업
12. 라. 전문 디자인업
13. 마. 시장조사 및 여론조사업
14. 6. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업시설 관리, 사업지원 및 임대서비스업
15. 가. 사업시설 관리 및 조경 서비스업
16. 나. 고용알선 및 인력공급업
17. 다. 경비 및 경호 서비스업
18. 라. 보안시스템 서비스업
19. 마. 전시, 컨벤션 및 행사대행업
20. 7. 창작 및 예술관련 서비스업(자영예술가는 제외한다)
21. 8. 수도, 하수 및 폐기물 처리, 원료 재생업
22. 9. 대통령령으로 정하는 물류산업
23. 10. 「학원의 설립ㆍ운영 및 과외교습에 관한 법률」에 따른 직업기술 분야를 교습하는 학원을 운영하는 사업 또는 「국민 평생 직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업(직업능력개발훈련을 주된 사업으로 하는 경우로 한정한다)
24. 11. 「관광진흥법」에 따른 관광숙박업, 국제회의업, 테마파크업 또는 대통령령으로 정하는 관광객이용시설업
25. 12. 「전시산업발전법」에 따른 전시산업

법무사업은 이 목록에 들어 있지 않으므로 이 감면의 업종 요건을 충족하지 못한다는 점을 함께 확인해 두어야 합니다.

4. 어떤 경우 창업으로 보지 않아 감면이 막히나요

⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다. <신설 2016. 12. 27., 2023. 12. 29.>

1. 1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 「부가가치세법」 제5조제2항에 따른 사업개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.
2. 2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우
3. 3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우
4. 4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우
5. 5. 그 밖에 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항제1호 및 제2항제1호에 따라 경감된 취득세를 추징한다. 다만, 「조세특례제한법」 제31조제1항에 따른 통합(이하 이 조에서 “중소기업간 통합”이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서 “법인전환”이라 한다)을 하는 경우는 제외한다. <신설 2016. 12. 27., 2020. 12. 29.>

1. 1. 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 2. 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우
3. 3. 최초 사용일부터 계속하여 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

⑧ 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 제1항제2호 및 제2항제2호에 따른 경감기간이 지나기 전에 중소기업간 통합 또는 법인전환을 하는 경우 그 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 경감기간에 대하여 제1항제2호 및 제2항제2호를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업간 통합 및 법인전환 전에 취득한 사업용재산에 대해서만 적용한다. <개정 2016. 12. 27., 2020. 12. 29.>

5. 사업장을 추가 취득해도 감면받을 수 있나요 — 감면 인정 심판례

기존 사업장에 더해 새 부동산을 취득한 사안에서, 창업의 성립이 인정되면 취득 횟수나 규모와 무관하게 감면이 인정된 결정 사례입니다.

(1) 청구법인은 2021.3.4. 경기도 화성시 OOO 를 본점 소재지로 하고, 플라스틱 재생업, 플라스틱 제조업, 폐기물 재활용업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다. (2) 청구법인은 2023.5.31. 그동안 임차하여 사용하던 경기도 화성시 OOO 를 취득한 후 이를 창업중소기업인 청구법인의 사업용 부동산으로 하여 취득세를 감면받았다.

(3) 청구법인은 이 건 심판청구일 현재 경기도 화성시 일대 에서 3 개의 사업장을 운영하고 있는데, 사업장이 떨어져 있다 보니 효율적인 경영이 어려워, 새로운 부동산을 취득하여 건축물을 신축한 후 플라스틱 재생 및 제조 등을 위한 일괄 사업장으로 사용하고자 창업일부터 4 년 이내인 2024.10.30. 이 건 부동산을 취득하였다.

(2) 「지방세특례제한법」제58조의3제1항 본문 및 제1호에서 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업 (창업중소기업) 이 창업일부터 4 년 이내에 창업일 (설립등기일) 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100 분의 75 를 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제6항 본문 및 제4호에서 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우에는 창업으로 보지 않는다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 처분청은 청구법인이 설립 당시의 사업장이 아닌 다른 곳에 소재하는 이 건 부동산을 취득한 것은「지방세특례제한법」제58조의3제6항 제4호에서 규정하고 있는 ‘ 사업의 확장 ’ 에 해당한다는 의견이나, 「지방세특례제한법」제58조의3제6항은 창업중소기업의 사업용 부동산 중 취득세 감면이 배제되는 부동산을 규정한 것이 아니라 창업으로 보지 않는 사유를 규정하면서 창업의 범위를 제한하고 있을 뿐이므로 법인의 설립이「지방세특례제한법」제58조의3제6항 각 호에 해당하지 않는다면 해당 법인의 설립은 적법한 창업으로 볼 수 있는 점,

청구법인의 경우 설립 당시 창업으로 보지 않을만한 사유는 없었던 것으로 보이고, 처분청도 청구법인의 설립을 창업으로 보아 청구법인이 취득한 기존 사업장에 대해 취득세의 100 분의 75 를 감면한 점, 청구법인은 창업일 당시의 업종인 플라스틱 재생 및 제조업을 영위하기 위해 창업일부터 4 년 이내인 2024.10.30. 이 건 부동산을 취득한 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 부동산은 창업중소기업인 청구법인이 그 창업일부터 4 년 이내에 취득한 사업용 부동산으로 그 취득세를 감면하는 것이 타당하다 할 것임에도, 처분청이 이와 다른 전제에서 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

6. 개인사업자가 법인으로 전환하면 왜 감면이 안 되나요 — 감면 불인정 심판례

개인사업자의 포괄양수도로 법인을 설립한 사안에서, 창업으로 보지 않아 감면을 추징한 결정 사례입니다.

가. 청구법인은 2019.10.30. 인천광역시 OOO에서 설립되어 마스크팩 및 화장품 제조 및 도소매업 등을 영위하는 법인으로, 2022.3.24. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 창업벤처중소기업 확인을 받고, 2022.3.31. 인천광역시OOO토지(209.6㎡, 이하 “쟁점토지1”라 한다) 및 같은 동 OOO토지(157.5㎡, 이하 “쟁점토지2”라 하며, 위 쟁점토지1과 합하여 이하 “쟁점토지들”이라 한다)를 매매로 취득하고, 각 거래가격 OOO원(쟁점토지1)과OOO원(쟁점토지2)을 과세표준으로 하여 「지방세특례제한법」제58조의3 제2항 제1호에 따라 창업벤처중소기업에 대한 취득세 감면(100분의

75)을 적용하여 취득세 등 OOO원(쟁점토지1)과 OOO원(쟁점토지2)을 각 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대하여 세무조사를 한 결과, 청구법인의 설립은 ‘거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우’에 해당하여 창업이 아니라고 보아, 2025.3.10. 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목(4%)에 따라 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감하여 취득세 등 OOO원(쟁점토지1)과 OOO원(쟁점토지2)을 각 부과·고지하였다.

(가) 「지방세특례제한법」제58조의3 제2항과 제6항에서는 창업일부터 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 창업벤처중소기업이 최초 확인일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감하되, 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우로서 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우에는 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. (나) 마스크팩 접지일을 개인사업자로서 가내수공업(부업)의 형태로 운영하든 또는 법인사업자로서 화장품제조업의 형태로 운영하든 개인의 사업소득금액 또는 법인의 각 사업연도 소득금액을 구성한다는 점에서만 차이가 있을 뿐

사업의 형태와 종류는 변하지 않은 것이며, 개인사업자로서 마스크팩 접지관련 공급가액 비율(2016년부터 2019년까지)과 청구법인 설립 이후 주요 거래처와 매출항목의 연속성을 볼 때 마스크팩 접지관련 사업은 사업의 운영주체가 개인에서 법인으로 인격만 바뀌었을 뿐 사업의 형태와 종류는 동일한 것으로 판단된다.

(다) 청구법인의 대표이사 a은 개인사업자를 폐업(2019.12.10.)하기 전인 2019.10.30. 청구법인을 설립하고, 개인사업자 폐업과 동시에 개인사업자가 사업에 사용하던 자산(기계장치, 비품 등 「법인세법」상 감가상각자산)을 포함하여 다른 자산(외상매출금, 임차보증금)과 부채(외상매입금, 미지급금, 예수금)를 인수한 사실이 확인되고, 특히 개인사업자가 사업에 사용하던 기계장치와 비품을 100% 인수한 것으로 확인된 이상, 거주자가 하던 사업을 사업의 포괄양수도를 통해 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우에 해당되므로 청구법인의 설립은 창업으로 보지 않는 것이 타당하다.

(가) 청구법인의 대표이사인 a은 개인사업자로 A를 운영하면서 2018.1.23. 인천광역시 OOO로 사업장을 이전하였고, 2019.12.17. 주업종을 화장품 제조업으로 변경하였는데, 청구법인은 개인사업자 A가 폐업되기 전인 2019.10.30. 개인사업자 A 사업장과 같은 주소지를 본점으로 하여 설립되었고, 대표이사는 a이며, 업종도 화장품제조업으로 개인사업자 A와 동일한 점, 청구법인이 제출한 재무상태표와 계정별원장에 따르면 청구법인이 2019.12.11. 개인사업자 A로부터 자산·부채를 포괄승계한 것으로 확인되는 점, 위 <표4>에 따르면 2019년부터 2022년까지 청구법인과 개인사업자 A의 매출항목, 매출처, 기계장치 및 종업원 현황이 같거나 유사한 점 등에

비추어, 처분청이 청구법인의 설립을 ‘거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우’에 해당한다고 보아 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 취득세는 신고ㆍ납부방식의 지방세로서 납세의무가 성립한 경우에는 납세의무자가 스스로의 책임하에 신고·납부하여야 하는 점, 세법상 가산세는 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하며, 법령의 부지ㆍ착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 점(대법원 2014.3.13. 선고 OOO판결) 등에 비추어, 창업의 의미를 잘 알지 못하여 취득세 감면 신고를 했다는 것을 가산세감면의 정당한 사유로 보기는 어려운 것으로 판단된다.

7. 감면을 받으려면 어떻게 신청하나요

⑨ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 감면을 적용받으려는 경우에는 행정안전부령으로 정하는 감면신청서를 관할 지방자치단체의 장에게 제출하여야 한다.

창업일은 법인이면 설립등기일, 개인이면 부가가치세법에 따른 사업자등록일로 정해지므로, 이 날짜에서 4년(청년창업기업은 5년) 이내의 취득인지를 먼저 가늠해야 합니다.

제29조의2(창업중소기업 등의 범위)

① 법 제58조의3제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 날”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 말한다. <신설 2016. 12. 30.>

1. 법인이 창업하는 경우: 설립등기일

2. 개인이 창업하는 경우: 「부가가치세법」 제8조에 따른 사업자등록일