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농지 및 임야를 현물로 출자하여 농업회사 설립할 때 등록면허세, 취득세 및 농특세 감면에 대한 검토

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2024-11-09

농지와 임야를 현물출자하여 농업회사법인을 설립할 때 취득세 감경 요건은 어떻게 확인하나요?

결론

농업법인 설립 후 현물출자 목적인 농지와 임야의 소유권을 이전하면서 취득세 감경을 받으려면, 임야는 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야이거나 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위한 부동산이어야 하고, 설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보를 등록해야 합니다.

요건을 충족하면 취득세의 100분의 75를 경감받고 감면세액의 20% 농어촌특별세는 과세되지 않으며, 설립등기에 대한 등록면허세 면제는 2020년 12월 31일까지로 종료되어 현재에는 납부하여야 합니다.

1. 현물출자로 농업법인을 설립하면 취득세 감경을 받을 수 있나요

지방세특례제한법 제11조 제1항(농업법인에 대한 감면)① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내(대통령령으로 정하는 청년농업법인의 경우에는 4년 이내)에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2026년 12월 31일까지 경감한다.
이하 조문 전문은 국가법령정보센터에서 보실 수 있습니다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260602

감경의 관문이 되는 것은 설립등기일부터 90일 이내의 농업경영정보 등록이므로, 근거 조문부터 확인합니다.

2. 농업경영정보 등록 요건은 무엇인가요

농업경영정보등록(참고자료) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률

1. 농업경영체: 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제40조에 따른 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 “농업경영정보”라 한다)

농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제2조의2(농어업경영정보의 등록기준) ① 법 제4조 제1항 제1호에 따른 농업경영정보의 등록기준은 다음 각 호의 구분에 따른다.

  1. 1. 농업인의 경우: 다음 각 목의 요건을 모두 충족할 것
  2. 가. 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단에 대한 정당한 권원(權原)이 있을 것
  3. 나. 직접 생산한 농산물에 대한 판매 실적이 있거나 농자재 사용 등 농업경영에 관한 운영 실적이 있을 것
  4. 2. 농업법인의 경우: 다음 각 목의 요건을 모두 충족할 것
  5. 가. 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단에 대한 정당한 권원이 있을 것(생산수단이 있는 경우만 해당한다)
  6. 나. 농업경영에 관한 사업 및 활동 실적이 있을 것

③ 제1항 및 제2항에 따른 등록기준의 세부 내용 및 운용에 관한 사항은 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관이 정하여 고시한다.

3. 영농·유통·가공용 부동산은 얼마나 감경되나요

② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공 에 직접 사용 하기 위하여 취득하는 부동산 에 대해서는 취득세의 100분의 50 을 경감한다.

③관련 지방세 특례제한법

1. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인

2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 농업회사법인

② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산 에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2026년 12월 31일까지 경감한다. <개정 2013. 1. 1., 2015. 12. 29., 2016. 12. 27., 2017. 12. 26., 2020. 12. 29., 2023. 12. 29.>

4. 설립 후 현물출자 소유권이전 시 감경 결론은 무엇인가요

④설립 후 현물출자에 따른 농지 및 임야 소유권인 시 취득세 감경에 대한 결론 농지 및 임야를 현물출자하여 농업법인을 설립하고, 설립 후 현물출자의 목적물인 농지 및 임야를 설립된 농업법인으로 소유권을 이전할 때 취득세를 감경 받기 위해서는

가. 임야의 경우 에는 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야이거나, 임야가 영농ㆍ유통ㆍ가공 에 직접 사용 하기 위하여 취득하는 부동산이어야 함

나. 설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보를 등록해야 함

농업경영정보를 등록하려면

가. 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단에 대한 정당한 권원이 있을 것(생산수단이 있는 경우만 해당한다)/나. 농업경영에 관한 사업 및 활동 실적이 있을 것 등 두 개의 조건을 충족해야 합니다. 농업법인을 설립한 이후 농업법인이 농업경영정보를 등록할 수 있는 조건이 충족될 수 있는지 여부를 현물출자를 하기 전에 미리 검토하셔야 합니다.

다. 감경되는 취득세 율 위 조건을 충족하는 경우 설립된 농업법인이 현물출자 목적물인 농지와 임야(임야는 농지를 조성하기 위한 것 이이어 함)는 취득세의 100분의 75를 경감 받습니다.

5. 감면된 취득세는 언제 추징되나요

2)감면된 취득세의 추징 ①추징사유 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징 한다.

  1. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
  2. 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
  3. 3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우

추징 사유 역시 같은 조문의 추징 조항에 둔 근거입니다.

  1. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
  2. 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
  3. 3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우

6. 농업법인 설립등기의 등록면허세는 면제되나요

2. 농업법인 설립과 관련한 등록면허세 감경에 대한 검토 ①설립등기 등록면허세 면제 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 2020 년 12월 31일까지 면제 한다.

②관련규정 지방세 특례제한법 제11조(농업법인에 대한 감면) ④ 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 2020년 12월 31일까지 면제 한다.

③등록면허세의 면제에 대한 검토의견 농업법인 설립등기에 대해서는 2020년 12월 31일까지 그 등록면허세를 면제하므로, 현재에는 납부하여야 하는 것으로 판단 합니다.

(이 부분을 추가적으로 검토하려면 행정관청에 질의회신을 해 보아야 하며, 회사가 요청할 경우 저희들이 질의회신을 해 드릴 수 있으며, 질의회신에 약 10일 정도 소요될 수 있습니다.)

7. 감면받은 취득세에 농어촌특별세도 내야 하나요

3. 농어촌 특별세 감면에 대한 검토

①감면취득세액에 대한 농어촌특별세 비과세 일반적으로 소유권이전등기를 하면서 취득세가 감면될 때에는 감면되는 취득세 금액의 20%를 농어촌특별세로 납부하여야 하나, 농업법인이 현물출자로 농지 및 임야 등을 취득하면서 지방세특례제한법 제11조에 해당하는 취득세 감면을 받는 경우에는 감면되는 취득세 금액의 20%에 해당하는 농어촌특별세가 과세되지 않습니다.

②관련 농어촌 특별세법 규정

제4조(비과세) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

2. 농어업인(「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조 제2호의 농업인과 「수산업ㆍ어촌 발전 기본법」 제3조 제3호의 어업인을 말한다. 이하 같다) 또는 농어업인을 조합원으로 하는 단체(「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인, 농업회사법인 및 영어조합법인를 포함한다)에 대한 감면으로서 대통령령으로 정하는 것

자주 묻는 질문

영농조합법인도 감경 대상 법인에 포함되나요?
「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인이 모두 감경 대상에 포함됩니다. 따라서 영농조합법인도 같은 요건 하에 취득세 감경을 받을 수 있습니다.
영농·유통·가공용 부동산의 재산세 경감 비율은 얼마인가요?
과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 2026년 12월 31일까지 경감합니다. 취득 단계의 취득세 경감과 함께 보유 단계의 재산세 경감도 적용됩니다.
취득일부터 3년 미만 사용 후 매각하면 감면된 취득세는 어떻게 되나요?
해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하면 감면된 취득세를 추징합니다. 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 직접 사용하지 않은 경우와 5년 미만 사용 중 해산명령을 받은 경우에도 추징 사유가 됩니다.
현물출자 전에 농업법인의 생산수단 권원과 농업경영 사업·활동 실적 등 농업경영정보 등록 요건 충족 가능성을 먼저 검토하고 소유권이전등기를 진행하시기를 권해드립니다.
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※ 본문·조문은 원문(국가법령정보센터 원문 기준)에 기반합니다.