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회사 합병 절차와 합병등기, 어떻게 하나요?

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2026-06-29

회사 합병은 어떤 절차로 진행되고, 합병등기에는 무엇이 필요한가요?

결론

합병은 청산 절차 없이 소멸회사의 권리·의무가 존속회사에 포괄적으로 넘어가는 절차로, 흡수합병과 신설합병 방식으로 진행합니다.

합병 후 존속회사의 형태와 해산 후 회사의 합병 가능 범위는 상법 제174조가 정한 제한을 따릅니다.

다자간 합병, 삼각합병, 역합병, 합병교부금만 주는 합병, 채무초과 회사의 소멸, 무증자합병, 자본금 초과, 자기주식 승계는 실무에서 자주 문제되는 여덟 가지 쟁점입니다.

흡수합병은 사전 검토와 합병계약 체결, 주주총회 특별결의, 채권자 보호절차를 거쳐 합병기일 다음 날 합병등기로 효력이 발생합니다.

합병등기 신청 시 존속회사는 등기부등본·인감증명서·합병승인 주총의사록·보고 주총의사록·주주명부·채권자보호절차 공고문·정관사본을, 소멸회사는 승인주총의사록 중심의 서면을 갖추어야 합니다.

1. 합병이란 무엇인가요?

합병은 두 개 이상의 회사를 하나로 합치는 절차 입니다. 한 회사가 다른 회사를 흡수하거나(흡수합병), 여러 회사가 모두 소멸하고 새 회사를 세우는(신설합병) 방식이 있으며, 청산 절차 없이 소멸회사의 권리·의무가 존속회사로 포괄적으로 넘어갑니다. 아래에서 합병의 의의·종류·제한, 실무에서 자주 문제되는 쟁점, 흡수합병의 절차와 합병계약서 작성 사항까지 차례로 정리합니다.

합병은 2개 이상의 회사가 상법의 특별규정에 따라 청산 절차를 거치지 않고 하나로 합쳐지는 법률요건입니다. 그 결과 1개 이상의 회사가 소멸하고, 소멸회사의 권리·의무와 사원(주주)의 지위가 존속회사 또는 신설회사로 포괄적으로 이전됩니다.

회사는 규모의 경제를 추구할 때 합병을 하고, 규모의 불경제가 생기면 분할을 합니다. 자본과 기업을 집중하는 수단으로는 합병 외에도 주식인수, 영업양수도, 주식의 포괄적 교환 등 여러 방법이 있습니다. 다만 주식인수나 영업양수도에서는 상대방 회사가 해산·소멸하지 않고 그대로 존속한다는 점이 합병과 다릅니다.

2. 합병에는 어떤 종류가 있나요?

합병은 참여 회사의 수와 주주총회 생략 여부에 따라 네 가지 방식으로 나뉩니다.

  1. 흡수합병 : 여러 회사가 합병하면서 한 회사가 존속하고 나머지 회사가 소멸하는 방식입니다.
  2. 신설합병 : 기존 회사가 모두 소멸하고 새로운 회사를 설립하는 방식입니다.
  3. 소규모합병 : 상법이 정한 요건을 충족하면, 존속회사의 주주총회를 갈음하여 이사회 결의로 합병을 승인하는 방식입니다.
  4. 간이합병 : 소멸회사의 주주총회를 갈음하여 이사회 결의로 합병을 승인하는 방식입니다.

3. 어떤 회사끼리 합병할 수 있나요?

회사 간 합병은 원칙적으로 자유롭게 할 수 있습니다. 다만 상법과 특별법에 일정한 제한이 있습니다. 합병은 원칙적으로 우리나라 법률에 따라 설립된 회사 사이에서 이루어지지만, 협동조합기본법에 따라 협동조합이 기획재정부장관의 인가를 받은 경우에는 상법에 따라 설립된 주식회사·유한회사·유한책임회사를 흡수합병할 수 있습니다.

상법이 정한 제한부터 보겠습니다.

상법 제174조 제2항(회사의 합병)② 합병을 하는 회사의 일방 또는 쌍방이 주식회사, 유한회사 또는 유한책임회사인 경우에는 합병 후 존속하는 회사나 합병으로 설립되는 회사는 주식회사, 유한회사 또는 유한책임회사이어야 한다.
<개정 2011.4.14>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260723

해산 후의 회사는 존립 중인 회사를 존속회사로 하는 경우에 한하여 합병할 수 있습니다(상법 제174조 제3항).

유한회사와 주식회사가 합병하여 유한회사가 존속하면 법원의 인가가 필요 없지만, 주식회사가 존속하면 법원의 인가를 받아야 합니다. 이는 현물출자로 주식회사를 설립할 때 요구되는 법원 인가 절차를 우회(잠탈)하는 것을 막기 위한 것입니다.

3.1 특별법상 제한은 무엇인가요?

  1. 상장회사 가 합병하려면 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따라 일정한 요건과 방법을 따라야 합니다.
  2. 은행·보험회사 가 합병하려면 은행법·보험업법에 따라 금융위원회의 인가를 받아야 합니다.
  3. 회생 중인 회사 는 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 회생절차에 의해서만 합병할 수 있습니다.

3.2 외국회사·비영리법인과는 합병할 수 있나요?

우리나라 상법은 국내 회사에만 적용되므로, 우리 상법에 따라 설립된 회사는 외국회사와 합병할 수 없습니다. 또한 회사와 재단법인·사단법인 등 비영리법인의 합병을 인정하는 법률 규정이 없으므로, 회사와 비영리법인은 합병할 수 없습니다.

4. 다자간 합병도 가능한가요?

두 회사 간 합병이 일반적이지만, 여러 회사가 동시에 합병하는 다자간 합병도 가능합니다(실무상 9개 회사가 동시에 합병하여 1개 회사가 존속하고 8개 회사가 소멸한 사례도 있습니다). 여러 회사가 하나의 합병계약서로 동시에 합병하면 하나의 절차로 진행되는데, 이 경우 회사 중 한 곳의 채권자가 이의를 제기하고 그 채무를 변제하지 못하면 전체 합병 절차가 중단됩니다. 반면 존속회사를 하나로 두고 나머지 회사와 각각 합병계약을 체결해 절차를 따로 진행하면, 특정 소멸회사 쪽에 문제가 생겨도 다른 회사 간 합병은 영향 없이 진행할 수 있습니다.

5. 삼각합병이란 무엇인가요?

상법 제523조의2 제1항(합병대가가 모회사주식인 경우의 특칙)①제342조의2에도 불구하고 제523조제4호에 따라 소멸하는 회사의 주주에게 제공하는 재산이 존속하는 회사의 모회사주식을 포함하는 경우에는 존속하는 회사는 그 지급을 위하여 모회사주식을 취득할 수 있다.
<개정 2015.12.1>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260723

6. 역합병도 가능한가요?

모자회사 간 합병에서는 모회사가 자회사를 합병하는 경우가 대부분이지만, 반대로 자회사가 모회사를 합병하는 역합병도 가능합니다. 이를 금지하는 법률 규정이 없으므로 인정됩니다.

7. 합병교부금만 주는 합병도 되나요?

과거에는 소멸회사 주주에게 주식을 주지 않고 합병교부금만 지급하는 것은 허용되지 않는다고 보았으나, 상법 개정으로 합병계약서에서 정하면 합병교부금만 지급하는 합병도 가능해졌습니다. 다만 이 경우 세법상 적격합병이 되지 않아 세무 이슈가 발생할 수 있고, 소멸회사의 부동산을 존속회사로 이전할 때 취득세가 감경되지 않으므로 사전 검토가 필요합니다.

8. 채무초과 회사를 소멸회사로 하는 합병은 가능한가요?

과거에는 채무초과 회사를 소멸회사로 하는 합병을 인정하지 않았으나, 상업등기선례(제2-78호)가 변경되어 현재는 제한 없이 가능합니다. 이 선례에 따르면 소멸회사가 채무초과 회사가 아님을 소명하는 서면(재무상태표 등)은 신청서의 첨부 서면이 아니며, 등기관은 소멸회사의 채무초과 여부를 심사할 수 없습니다.

9. 무증자합병은 언제 가능한가요?

대법원 등기선례에 따르면 흡수합병에서 무증자합병은 ① 존속회사가 소멸회사의 주식을 전부 소유한 경우, ② 존속회사가 소멸회사 주주에게 배정하기에 충분한 자기주식을 보유한 경우 등 관련 회사의 주주·채권자 지위에 영향이 없을 때 제한적으로 인정됩니다(2001. 10. 31. 등기 3402-736 질의회답). 이는 합병 과정에서 소멸회사 주주의 지위가 강제로 박탈되는 것을 막기 위한 것으로, 예컨대 존속회사가 소멸회사 주식 전부를 보유한 때, 동일한 주주가 같은 비율로 양 회사 주식을 보유한 때, 모회사가 존속·소멸회사의 100% 주주인 때 인정됩니다.

10. 증가하는 자본금이 소멸회사 자본금을 초과해도 되나요?

존속회사의 증가 자본금이 소멸회사의 자본금을 초과할 수 있습니다. 예를 들어 소멸회사의 자본금이 1억 원이지만 순자산액이 100억 원이면, 존속회사의 증가 자본금이 100억 원이 될 수 있습니다. 다만 증가 자본금이 소멸회사 자본금을 상당히 초과하는 합병등기를 신청할 때 등기관이 소명 자료(소멸회사의 재무상태표)를 요청할 수 있습니다.

한편 증가 자본금이 소멸회사의 순자산액 을 초과하는 경우에 대해서는, 자본충실의 원칙상 제한된다는 견해와 합병가액·합병비율은 자산가치 외에 수익가치·시너지 효과 등을 고려해 정해지므로 제한되지 않는다는 견해가 대립합니다. 실무에서는 합병 시 소멸회사의 재무상태표를 제출하지 않아 등기관이 이를 알 수 없으므로 문제될 여지가 거의 없으나, 소명을 위해 재무상태표나 합병비율 산정 자료를 제출하는 경우에는 이 문제가 불거질 소지가 있습니다.

11. 해산회사가 존속회사의 주식을 보유한 경우는 어떻게 되나요?

흡수합병에서 해산(소멸)회사가 존속회사의 발행주식을 보유하고 있으면, 존속회사는 합병으로 그 주식을 자기주식으로 승계합니다. 존속회사는 이렇게 승계할 자기주식을 소멸회사 주주에게 지급하는 내용으로 합병계약을 체결하고 합병등기를 신청할 수 있습니다.

소멸회사가 존속회사 발행주식 전부를 소유하고, 존속회사가 승계할 자기주식을 자본감소로 전부 소각하며, 소멸회사 주주에게는 합병신주를 발행·교부하기로 정한 경우, 등기부상 기록은 합병신주 발행에 따른 변경등기를 먼저 한 뒤 주식소각에 따른 변경등기 를 해야 하며, 최종 변동분만 한 번에 등기할 수는 없습니다. 자본감소 없이 자기주식 전부를 소각하기로 한 때에는 자본 총액은 변동이 없고, 합병신주 발행으로 증가하는 자본액만큼만 변경등기를 합니다(2003. 1. 29. 공탁법인 3402-27 질의회답).

12. 흡수합병은 어떤 절차로 진행되나요?

흡수합병은 일반적으로 다음 흐름으로 진행됩니다.

절 차일 정설 명
사전준비절차법률, 회계, 조세문제 검토 합병비율 결정 합병절차 및 일정 확정 합병계약서 등 작성
합병이사회결의 및 합병계약체결D-16이사회 승인 후 당사회사 대표이사가 합병계약 체결
주총 소집 이사회결의주총 소집을 위한 이사회 결의
합병 주주총회 소집공고 및 통지D-15주총 2 주 전에 공고 및 통지 (총주주 동의로 기간단축할 수 있음)
합병계약서, 합병재무제표 등 비치 공시주총 2 주 전 ~ 합병일로부터 6 월
합병반대의사 서면통지 접수마감D-1주총 소집통지일 ~ 주총 전일
합병승인 주총 개최D주총 특별결의
주식매수청구
채권자이의 및 구주권제출 공고D+1주총일로부터 2 주 이내 공고
주식매수청구권 행사 만료D+20주총일로부터 20 일 내
채권자이의제출기간 만료D+32공고기간 1 월 이상
구주권 제출기간 만료
합병기일 합병보고총회D+33합병기일은 실질적인 합병일
합병등기D+34합병 효력발생일

13. 흡수합병 등기에 필요한 서류는 어떻게 되나요?

존속회사가 갖추어야 할 서류는 다음과 같습니다.

6-1 존속회사에 필요한 서류
필요서류부 수비 고
법인등기부등본1 부
법인인감증명서1 부
법인인감도장공증용위임장, 공증용 확인서, 공증용 주주명부, 등기신청 위임장, 진술서에 날인시 불요 (이 서류는 법무사가 작성하여 보내드림)
합병승인 주총의사록3 부합병계약서를 별첨하고 간인 법무사사무실에서 작성 가능
합병 보고 주총의사록3 부법무사사무실에서 작성 가능
합병 전 주주명부1 부
주식수 2/3 이상 보유한 주주들의 인감증명서, 인감도장1 부공증용 위임장에 날인시 개인 인감도장 불요
채권자보호절차 공고문 개별최고서각 1 부
정관사본1 부

소멸회사 쪽에서 준비할 서면은 승인주총의사록을 중심으로 정리됩니다.

6-2 소멸회사에 필요한 서면
필요서류부 수비 고
법인등기부등본1 부
법인인감증명서1 부
법인인감도장공증용 위임장, 공증용 확인서, 공증용 주주명부, 등기신청 위임장에 날인시 불요 (이 서류는 법무사가 작성하여 보내드림)
승인주총의사록3 부합병계약서 별첨하고 간인
합병 전 주주명부1 부
주식수 2/3 이상 보유한 주주의 인감증명서, 인감도장공증용 위임장에 날인시 불요
채권자보호절차 공고문각 1 부
정관사본1 부

자주 묻는 질문

여러 회사를 한꺼번에 합치는 다자간 합병과 하나씩 합치는 방식은 무엇이 다른가요?
여러 회사가 하나의 합병계약서로 동시에 합병하면 한 곳의 채권자 이의가 전체 절차를 중단시킬 수 있지만, 존속회사를 하나로 두고 나머지 회사와 각각 합병계약을 체결하면 특정 소멸회사 쪽 문제가 생겨도 다른 합병은 영향 없이 진행됩니다.
채무초과 상태인 회사를 소멸회사로 하는 합병등기를 신청할 때 재무상태표를 내야 하나요?
상업등기선례 제2-78호 변경 이후 소멸회사가 채무초과 회사가 아님을 소명하는 서면은 신청서의 첨부 서면이 아니며, 등기관은 소멸회사의 채무초과 여부를 심사할 수 없습니다.
소멸회사가 존속회사 주식을 전부 소유한 경우 합병등기는 어떤 순서로 해야 하나요?
존속회사가 승계한 자기주식을 자본감소로 전부 소각하고 소멸회사 주주에게 합병신주를 교부하기로 한 경우, 합병신주 발행에 따른 변경등기를 먼저 하고 주식소각에 따른 변경등기를 뒤에 해야 하며, 최종 변동분만 한 번에 등기할 수는 없습니다.
존속회사의 증가 자본금이 소멸회사의 자본금보다 크면 합병등기가 막히나요?
증가 자본금이 소멸회사의 자본금을 초과하는 합병 자체는 가능하지만, 상당히 초과하는 경우 등기관이 소명 자료로 소멸회사의 재무상태표를 요청할 수 있습니다.
합병은 세금·채권자 보호·주주 보호 절차가 얽힌 절차이므로, 합병계약 체결 전에 법률·회계·조세 검토와 합병비율 산정을 마치고 등기 서류 일정을 미리 확정해 두시기 바랍니다.
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