회사 실무와 놀자
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일반합병 회사실무자 check 사항

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2025-07-23

주식회사 일반합병을 준비할 때 실무자가 미리 확인해야 할 사항에는 어떤 것들이 있나요?

결론

일반합병은 주주총회 특별결의로 승인하는 합병이며, 세무·법적 제한·합병비율·주주와 채권자 대응·등기 서류까지 사전에 점검해야 합니다.

합병비율에 따라 주주간 증여세와 법인세가 발생할 수 있으므로 세무 검토가 가장 중요하며, 경우에 따라 간주취득세도 나올 수 있습니다.

무증자 합병은 법인세법상 적격합병이 되어 여러 모로 편리하므로 성립 요건을 먼저 확인할 가치가 있습니다.

합병기일은 합병등기신청 전이어야 하고, 주주총회 소집 절차와 합병등기 서류도 사전에 확정해야 합니다.

1. 일반합병은 어떤 합병을 말하나요?

1. 일반합병에 대한 이해

주주총회에서 합병을 승인 할 때 실무계에서는 일반합병이라 합니다. 주주총회에 갈음하여 존속회사의 이사회에서 합병을 승인하면 소규모합병이라 하고, 소멸회사의 이사회에서 승인하면 간이합병이라 하고 있습니다.

2. 합병 전에 어떤 세무와 법적 제한을 검토해야 하나요?

2. 합병에 따른 세무 검토

합병에 따른 세무검토가 합병을 준비하는 실무자가 확인해야 할 가장 중요한 사항입니다. 합병비율에 따라 주주간의 증여세, 합병 회사에서는 법인세 등이 발생할 수 있습니다. 경우에 따라서는 과점주주의 주식비율이 증가하여 간주취득세가 나올 수 도 있습니다. 세금에 따라 합병비율이 조정되거나 합병 자체를 재검토할 수 있으므로 반드시 회계법인 등 관련 전문가의 도움을 받아 검토하는 것이 좋습니다.

3. 합병의 법적 제한 사항에 대한 검토

유한회사가 주식회사와 합병하여 존속하는 회사가 주식회사인 경우에는 합병을 하는 유한회사가 법원에 유한회사합병인가신청을 한 후 법원이 이를 인가하면 합병을 할 수 있습니다. 존속회사가 상장회사일 경우에는 우회상장에 해당하는지 여부도 검토를 해야 하며, 공정거래법에 의해 일정한 거래분야에서 경쟁을 실질적으로 제한하는 행위로 다른 회사와 합병을 하는 경우는 제한 되므로 이 검토가 필요한 회사의 경우 이에 대한 사전 검토가 필요합니다.

3. 무증자 합병이 가능한 경우는 언제인가요?

4. 무증자 합병에 대한 검토

존속회사가 소멸회사의 주식 100%를 가지고 있거나, 존속회사와 소멸회사의 주주가 1인일 때에는 무증자 합병을 할 수 있습니다. 무증자 합병을 하면 법인세법 상 적격합병이 되므로 여러 모로 편리합니다. 일부 주주의 주식을 매입하여 무증자 합병을 할 수 있을 때에는 그렇게 하는 것도 고려해 볼 만 합니다.

4. 합병교부금만 주는 합병도 가능한가요?

5. 합병교부금의 지급에 대한 검토

소멸회사의 주주에게 존속회사의 주식을 배정하는 것이 일반적이나, 주식을 배정하지 아니하고, 합병교부금만 주는 합병도 가능하며, 주식과 교부금을 혼합하여 주는 방법도 가능합니다. 다만 특정 주주에게는 존속회사의 주식을 주고, 특정 주주에게는 합병교부금만 주는 합병은 주주평등의 원칙에 위배되므로 이런 합병을 할 수 없습니다.

5. 합병비율은 어떤 기준으로 정하나요?

6. 합병 비율에 대한 검토

소멸회사의 주식 1주 당 존속회사의 주식을 몇 주를 교부할 것인지를 정하는 것이 합병비율입니다. 합병 당사 회사 뿐만 아니라, 합병 당사 회사의 주주들에게 직접적인 이해관계가 있으므로 합병비율을 어떻게 정할 것인지 결정하는 것이 중요합니다. 합병 당사회사의 합의에 의해 합병비율을 정할 수 있으나, 세무적 잇슈 때문에 상속세 및 증여세법에서 정한 바에 따라 합병비율을 산정하는 것이 일반적입니다. 합병비율을 산정하기 위하여 전년도 재무상태표를 기준으로 할 것인지 아니면 분기별 재무상태표를 기준으로 할 것인지도 사전에 검토해야 할 사항입니다. 부동산을 소유한 법인일 경우 합병비율을 산정하기 위해 소유 부동산에 대해 감정평가를 하는 것이 일반적 입니다. (감정평가를 할 경우 합병에 따른 소유권 이전을 할 때 감정평가금액이 과세표준액이 됩니다. 2025년 7월 24일 추가함)

6. 기업결합신고 대상인지는 어떻게 확인하나요?

7. 기업결합신고 대상인지에 대한 확인

존속회사가 공정거래법상 기업결합신고 대상일 경우 합병을 하기 전에 기업결합 신고를 해야 하는지,아니면 사후에 하는지도 확인합니다.

7. 존속회사의 정관·면허·임원은 무엇을 검토해야 하나요?

8. 존속회사의 정관변경사항에 대한 검토

합병을 하게 되면 소멸회사가 영위하는 사업을 존속회사가 승계합니다. 존속회사가 소멸회사의 사업을 영위하려면 존속회사의 사업목적에 소멸회사가 영위하는 사업이 있어야 하는데, 만약 없다면 존속회사의 사업목적에 소멸회사의 해당 사업목적을 추가해야 합니다.

9. 건설업 면허 취득 절차와 조건에 대한 검토

소멸회사가 건설업 면허를 가지고 있을 경우에 존속회사가 이에 대한 승계절차를 거쳐야 합니다. 건설업 면허를 관리하는 협회에 문의하여 승계절차를 사전에 확인하고, 합병을 진행할 때 건설업 양수절차를 같이 진행해야 합니다. 특히 건설업 면허의 경우 최저자본금 조건이 있으므로 존속회사가 이를 충족하는지 확인하고, 충족을 하지 못할 경우에는 합병 전 또는 합병등기와 동시에 최저자본금 조건을 충족하도록 조치를 해야 합니다.

10. 합병에 따라 존속회사의 임원을 추가할 것인지에 대한 확인

소멸회사의 임원 등을 존속회사의 임원으로 선임하는 예가 있으므로 합병을 함에 따라 존속회사의 임원을 추가로 선임할 것인지 확인합니다.

8. 소멸회사 주주에게 무엇으로 지급할 것인지 어떻게 정하나요?

11. 신주발행 여부에 대한 검토

소멸회사의 주주에게 주식을 배정하거나 합병교부금을 줄 수 있습니다. 존속회사가 자기주식이 있을 때에는 신주를 발행하지 않고, 존속회사의 주식을 소멸회사의 주주에게 교부해 줄 수 있으므로, 이렇게 처리가 가능한지도 검토합니다. 자기주식을 교부할 경우에는 신주를 발행하지 아니하므로 신주발행에 따른 등록면허세를 절감할 수 있습니다. 합병을 하면서 소멸회사가 가지고 있는 존속회사의 주식을 자기주식으로 취득하는 경우도 있는데, 이 주식을 교부해 주는 것도 가능합니다. 일부는 자기주식, 일부는 신주를 발행해서 소멸회사의 주주에게 주는 것도 가능합니다.

12. 소멸회사가 존속회사의 주식을 가지고 있는 경우 어떻게 처리할 것인지에 대한 검토

소멸회사가 존속회사의 주식을 가지고 있을 경우 합병을 함에 따라 이 주식을 존속회사가 자기주식을 취득할 수 있고, 존속회사의 자본금 감소없이 이 주식만 소각할 수 있으며, 자본금을 줄이면서 동시에 이 주식을 소각할 수 있습니다. 어떻게 처리할 것인지 검토를 해야 하며, 반드시 회계 전문가와 상의 하여 결정하시는 것을 권해 드립니다.

13. 존속회사가 소멸회사의 주식을 가지고 있는 경우 이 주식에도 신주를 배정할 것인지에 대한 검토

존속회사가 소멸회사의 주식을 가지고 있을 수 있습니다. 이 주식에 대해 신주를 배정할 경우에도 존속회사가 자기주식을 취득합니다. 이 주식에 대해 신주를 배정하지 않을 수 있는데, 이때에는 합병계약서에 그 사실을 기재합니다. 이 또한 반드시 회계전문가와 상의하여 결정하시기 바랍니다.

9. 지점 설치와 반대하는 채권자·주주는 어떻게 대응하나요?

14. 소멸회사의 본점 등에 지점을 설치할 것인지, 지점을 설치할 경우 지배인을 둘 것인지에 대한 검토

소멸회사의 본점소재지에서 영업활동이 이루어 질 경우 지점을 설치합니다. 소멸회사가 사실상 독립적인 부분으로 사업을 진행할 경우에는 지점설치와 더불어 해당 지점에 지배인을 두는 것이 좋습니다. 지배인을 두면 지점 영업과 관련해서 지배인이 결정을 할 수 있으며, 지배인 인감을 신고하면 등기소에서 지배인 인감증명서도 발급해 줍니다.

15. 합병을 반대하는 채권자의 존재 가능성에 대한 사전 확인

합병 회사들의 회사 채권자가 합병을 반대하는 경우에는 해당 회사는 채권자에게 해당 채무에 대해 변제를 하거나 상당한 담보 등을 제공해야 합니다. 따라서 합명을 반대하는 채권자가 있을 수 있는 지 사전에 검토합니다. 은행이나 보증보험회사들이 합병을 반대하는 경우도 발생하므로, 합병계약을 체결하기 전에 주요 채권자에게 합병의 취지를 설명하고 이의를 제기할 것인지를 사전에 확인하는 것이 좋습니다. 우량회사와 부실회사가 합병을 하는 경우 특히 우량회사의 채권자들이 합병을 반대할 가능성이 큽니다.

16. 합병을 반대하는 주주가 있는지에 대한 검토

주주총회의 특별결의로 합병을 승인합니다. 합병을 반대하는 주주가 있을 경우 주주총회에서 합병이 부결될 수 있으므로, 사전에 합병을 반대할 주주가 있을 지 여부에 대해 검토합니다. 특히 합병을 반대하는 주주가 주식을 매수해 줄 것을 청구할 경우 현금으로 주식을 매입해야 하므로, 이러한 가능성이 있는지도 검토합니다.

10. 합병기일과 합병등기신청일은 어떻게 정하나요?

17. 합병기일과 합병등기신청일에 대한 검토

합병 당사 회사끼리 합병을 하는 날이 합병기일이며, 합병등기를 신청하는 날이 합병의 효력발생일입니다. 합병기일은 합병등기신청 전이어야 합니다 (대법원 행정처 등이 발행한 책자들의 일치된 입장입니다.). 특히 연말에 합병등기를 신청할 지, 연초에 합병등기를 신청할 지 여부는 결산과 관련하여 중요한 사항이므로 이에 대한 검토가 필요합니다.

11. 주주총회 소집과 합병등기 서류는 무엇을 준비해야 하나요?

18. 주주총회 소집절차에 대한 확인

합병은 중요한 의사결정이므로 상법이 정한 방법에 따라 주주총회를 소집할 필요가 있습니다. 주주총회소집통지서에 합병의 요령과 합병을 반대하는 주주가 주식매수청구권을 행사할 수 있다는 내용을 기재해야 합니다.

19. 합병등기에 필요한 서류 등에 대한 준비

합병등기를 할 때 주주총회 의사록 등을 공증 받습니다. 이때에 주주들의 인감 등이 필요하므로 사전에 합병등기에 필요한 서류 목록을 확정합니다. 주주가 외국에 있을 때에는 외국에서 공증과 아포스티유를 받아야 하므로 합병등기를 할 법무사와 사전에 협의를 해서 필요서류를 확인합니다.

12. 합병 후속조치와 총 비용은 어떻게 마무리하나요?

20. 합병 후속조치에 대한 확인

소멸회사가 부동산을 소유하고 있을 경우 존속회사로 소유권을 이전합니다. 소멸회사가 근저당권 등을 가지고 있는 경우도 마찬가지입니다. 기타 등기 등록하는 재산인 경우도 마찬가지입니다. 각종 면허 등도 존속회사로 이전해야 하며, 그외에 각 부서가 해야할 일을 리스트로 만들어서 합병이 종료됨에 따라서 신속하게 후속조치를 진행합니다.

21. 총 비용에 대한 확인

위와 같은 사전 준비사항을 체크한 후 합병에 따라 들어갈 세금과 전문가 비용 등 총 비용을 산출합니다.

합병 착수 전에 위 항목을 점검표로 만들어 세무·회계 전문가와 합병등기 담당 법무사에게 사전 협의부터 시작하시기 바랍니다.
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