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완전 모회사/ 자회사/ 손자회사의 무증자 합병(상담사례)

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2025-05-19

완전 자본잠식된 완전 자회사와 손자회사를 모회사가 합병할 때 순차합병보다 빠르게 끝내는 방법은 무엇인가요?

결론

손자회사 주식 전부를 모회사가 인수하여 두 회사를 모두 모회사의 100% 자회사로 만든 뒤 3자간 합병을 하면 한 차례 합병으로 신속하게 마무리할 수 있습니다.

모회사가 100% 손자회사를 직접 합병하면 100% 지분·무증자 요건을 갖추어도 법인세법상 적격합병에 해당하지 않기 때문에, 통상은 자회사가 손자회사를 먼저 합병하고 모회사가 자회사를 합병하는 순차합병으로 적격 요건을 맞춥니다.

순차합병은 거의 3개월 10일 정도 소요되어 기간 부담이 있지만, 두 회사가 모두 완전 자본잠식 상태이면 손자회사 주식 인수 비용이 거의 들지 않습니다.

상담 사례의 회사는 상담 다음날 이 방안대로 주식 인수 후 3자간 합병으로 진행하기로 결정했습니다.

1. 사례의 구조 — 완전 모회사·자회사·손자회사와 자본잠식

주식회사 A는 주식회사 B의 지분을 100% 가지고 있습니다. A가 완전 모회사, B가 완전 자회사입니다. B는 주식회사 C의 주식 100%를 가지고 있습니다. 그런데 B와 C는 완전 자본잠식 상태입니다. A가 B와 C를 합병을 하려 하는데, 회사는 먼저 B가 C를 합병하고, B와 C의 합병이 끝나면 A와 B를 합병할 생각입니다.

이 사례에서 합병의 목적과 제약이 함께 드러나는데, 그 배경이 되는 법인세법상 합병 과세 규정부터 확인해 둘 필요가 있습니다.

법인세법 제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세)① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다.
이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액이하 조문 전문은 국가법령정보센터에서 보실 수 있습니다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101

2. 모회사가 손자회사를 직접 합병하면 안 되는 이유가 있나요?

염춘필 법무사는 이 상담에서 먼저 회사가 구상한 순차합병의 취지를 다음과 같이 정리했습니다.

1)사례와 같은 경우 A가 B와 C를 합병하는 것을 목표로 하는 것으로 판단합니다. 다만 모회사인 A가 손자회사인 C를 합병할 경우 법인세법상 적격합병이 아니므로, 법인세법상 적격합병 요건에 맞추기 위해 순차적인 합병을 하는 것으로 이해하고 있습니다. (100% 자회사를 무증자 합병을 할 경우 법인세법 상 적격합병이되며, 완전손자회사와 합병을 할 때에는 100% 손자회사이면서 무증자 합병을 하더라도 법인세법상 적격합병에 해당하지 않습니다.)

요컨대 100% 자회사와의 무증자 합병은 법인세법상 적격합병이지만, 완전 손자회사와의 합병은 100% 지분·무증자 요건을 갖추어도 적격합병에 해당하지 않는다는 점이 순차합병 구조의 출발점입니다.

3. 순차합병보다 빠르게 끝내는 방법은 없나요?

순차합병은 적격 요건을 만족시키는 대신 기간 부담이 있어, 염춘필 법무사는 대안을 제시했습니다.

2)그런데 순차적인 합병을 할 경우에 거의 3개월 10일 정도 소요됩니다. 회사가 가급적 빨리 합병을 끝내고자 하므로, 제 생각에는 C의 주식 전부를 A가 인수 (완전 자본 잠식 상태이므로, 주식을 매입하는 비용이 거의 들어가지 않습니다.) 하여, B와 C를 A의 100% 자회사로 만들어 놓은 후 3자간에 합병(A가 존속회사, B와 C가 소멸회사)을 하면 한 차례 합병으로 마무리되므로 신속하게 합병을 끝낼 수 있습니다.

회사 담당 이사는 상담이 끝난 후 회계법인과 상의를 하여 결정하겠다고 말했습니다. 그리고 상담 다음날에 염법이 제안한 바와 같이 진행하기로 결정했습니다.

자주 묻는 질문

모회사가 완전 손자회사를 무증자로 직접 합병해도 되나요?
완전 손자회사와의 합병은 100% 지분에 무증자 합병을 하더라도 법인세법상 적격합병에 해당하지 않습니다. 적격 요건을 맞추려면 순차적인 합병이나 손자회사 주식 인수를 통한 구조 변경이 필요합니다.
3자간 합병에서 존속회사와 소멸회사는 어떻게 정하나요?
모회사 A를 존속회사로 하고 자회사 B와 손자회사 C를 소멸회사로 하는 3자간 합병으로 구성합니다. 이렇게 하면 한 차례 합병으로 마무리되어 신속하게 합병을 끝낼 수 있습니다.
순차합병을 검토할 때는 거의 3개월 10일 정도의 소요 기간과 3자간 합병 대안의 장단점을 회계법인과 상의한 뒤 합병 구조를 정해 두면 절차 설계에서 막히지 않습니다.
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