현물출자에 의한 중소기업 통합 등기 실무

1. 중소기업 통합이란 무엇인가요

조세특례제한법이 말하는 '중소기업 간의 통합'이란, 중소기업자가 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 형태로 다른 법인에 흡수되는 것을 말합니다. 실무에서 가장 흔한 모습은 개인사업자가 자신의 사업용 자산 전부를 법인에 현물출자하고, 그 대가로 그 법인의 신주를 인수하는 것입니다.

통합의 상대방이 되는 법인은 기존 법인 일 수도 있고 중소기업통합을 하면서 새로 법인을 설립할 수도 있습니다. 실무에서는 신주를 할증발행할 여지를 만들기 위해 기존 법인을 매입한 뒤 미리 유상증자를 해 두는 방식을 쓰기도 합니다. 현물출자 신주와 별도로 구주주 배정 현금출자를 병행하여 통합 요건과 지분 구조를 보완하는 것도 자주 쓰이는 설계입니다.

흔히 혼동하는 '법인전환'과는 요건과 감면 내용이 다른 별개의 제도입니다.

2. 상법상으로는 어떤 절차로 진행되나요

세법상 '통합'은 상법상으로는 현물출자를 목적으로 하는 신주발행으로 구현됩니다. 이사회가 발행사항을 정하고, 현물출자의 목적재산과 그 가액을 법원이 조사·인가(통합 상대방이 주식회사이거나 신설회사 주식회사인 경우)하며, 출자의 이행이 있으면 인수인이 주주가 됩니다.

당사자간에 중소기업통합에 의한 현물출자계약을 체결 하면, 통합상대방회사가 주식회사일 경우에는 이사회 또는 주주총회에서 중소기업통합에 따른 현물출자와 현금출자에 대한 결의를 합니다. 중소기업통합으로 신설회사를 설립하는 경우도 있습니다. 각각 다른 두 개의 개인사업자를 하나의 주식회사로 통합하여 신설하는 경우도 있으나, 이는 근본적으로 '현물출자에 의한 개인기업 법인전환'과 절차가 동일하므로, 여기에서는 통합 상대방이 주식회사라는 전제하에 설명을 하겠습니다.

출자의 이행 시점에 관해서는 주주가 되는 시기를 정한 조문이 답을 줍니다.

2.1 현물출자자가 이사이면 자기거래 승인도 필요한가요

현물출자자가 그 회사의 이사(또는 주요주주 등)인 경우에는, 회사가 그 이사로부터 재산을 취득하는 것이 되어 이사와 회사 간의 거래에 해당 합니다. 따라서 신주발행 결의와 함께 자기거래 승인 결의를 받아야 하며, 이때 해당 이사는 특별한 이해관계가 있으므로 그 안건의 표결에서 제외됩니다. 실무에서는 이사회의사록에 '이사와 회사의 거래 승인의 건'을 별도 의안으로 올리고, 이사별로 각각 표결하는 방식으로 처리합니다.

자기거래 승인은 이사 3분의 2 이상의 찬성이 필요합니다. 이사가 3명이고 그중 2명이 현물출자자라면 정족수 충족 여부를 먼저 계산해 보아야 합니다. 승인 결의를 빠뜨리면 뒷날 거래의 효력이 다투어질 수 있습니다.

3. 법원의 조사·인가 절차는 어떻게 돌아가나요

실무에서는 검사인 선임을 청구하는 대신, 공인된 감정인(감정평가사와 회계법인 등)의 감정으로 갈음하고 그 감정서를 법원에 제출합니다. 이 경우의 처리 방법은 재판예규가 정하고 있습니다.

등기신청 시에는 법원으로부터 송달받은 '인가' 표시가 된 감정서 부본을 첨부합니다. 강의안의 서식에서 '인가서(감정서 포함)'라고 부른 것이 바로 이것입니다. 또 현물출자 가액이 자본금의 5분의 1 이하이면서 대통령령이 정한 금액 이하인 소규모 출자라면 이 절차 자체가 면제되나(제422조 제2항 제1호), 중소기업 통합에서는 부동산이 포함되어 이 요건을 넘는 경우가 대부분입니다.

4. 양도소득세 이월과세는 어떻게 적용받나요

소멸하는 중소기업이 사업용고정자산을 통합법인에 양도하는 경우, 그 자산에 대해서는 양도소득세를 당장 내지 않고 이월과세를 적용받을 수 있습니다. 개인에게 과세하지 않고, 뒷날 통합법인이 그 자산을 처분할 때 정산하는 구조입니다.

4.1 이월과세의 적용 요건은 무엇인가요

통합으로 볼 수 있는 범위와 요건은 시행령이 정하고 있습니다.

1. 1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)의 주주 또는 출자자일 것
2. 2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

두 번째 요건, 즉 취득 주식가액이 순자산가액 이상이어야 한다는 점이 실무의 핵심입니다. 감정평가와 회계법인 조사로 확정된 순자산가액에 미달하는 주식을 배정하면 요건을 갖추지 못하므로, 발행가액과 배정 주식 수를 이 기준에 맞추어 역산해야 합니다.

5. 취득세 경감과 사후관리는 어떻게 되나요

통합법인이 양수하는 사업용 재산에 대하여는 취득세가 경감됩니다. 강의 당시에는 100분의 75가 경감되었으나, 현행 규정은 100분의 50 경감, 2027년 12월 31일까지 취득분으로 바뀌었고, 부동산 임대 및 공급업에 해당하는 중소기업이 양수하는 재산은 제외됩니다.

오래된 자료에서 여전히 '취득세 75% 감면'으로 안내하는 경우가 있으니 주의해야 합니다. 감면율·일몰기한·제외업종은 개정이 잦으므로 진행 시점의 조문을 반드시 확인하시기 바랍니다. 특히 부동산 임대업을 영위하는 개인기업의 통합은 종전과 취급이 달라졌으므로 사전 검토가 필수입니다.

5.1 통합 후 5년간 무엇을 조심해야 하나요

이월과세 적용 후 5년 이내에 사업 폐지나 주식 처분 사유가 생기면 이월과세액을 납부해야 합니다.

주식의 '처분'에 유상감자와 불균등 무상감자가 포함된다는 점이 특히 중요합니다. 통합 후 5년간은 지분 정리나 자산 처분을 신중히 설계해야 하며, 상속·가업승계와 연계된 계획이 있다면 미리 세무 전문가와 조율해 두어야 합니다.

6. 전체 진행 순서와 일정은 어떻게 됩니까

전체 일정은 사전절차, 본절차, 사후절차로 나뉩니다. 본절차는 법원 심사를 포함해 2개월 내외가 소요되며(법원에 따라 달라질 수 있습니다), 사후절차는 2주 내외입니다.

6-1 사전절차 주요 내용 담당 중소기업 통합의 필요성 검토 기업 조세에 대한 검토 세무사·회계사·법무사·기업 비용 및 절차에 대한 검토 세무사·회계사·법무사 전환과정 중 발생할 장애에 대한 검토 기업·세무사·회계사·법무사 필요시 기존 회사 매입 및 상호·임원·본점소재지·목적 등 변경등기, 사업자등록증 변경 기업·법무사 매입한 회사에 대한 유상증자 실시(할증발행을 위한 준비작업) 기업·법무사 현물출자계약서 작성을 위한 감정평가 의뢰 기업 개인기업의 재무상태표 및 재산목록 확정 기업·세무사·회계사 매입회사의 상증법상 주식가치 결정 기업·세무사·회계사

6-2 본절차 — 약 2~4개월(법원에 따라 달라질 수 있음) 주요 내용 담당 현물출자계약의 체결 기업·법무사 이사회의사록 등 유상증자 관련 서류 작성 기업·법무사 현물출자 조사보고를 위한 감정평가 의뢰 기업 회계법인의 감정보고서 작성 기업·회계사 필요시 현물출자계약서 및 이사회 등의 자료 수정 법무사 법원 제출용 보고서 작성 및 제출 법무사 법원의 심사, 감정평가서 부본(인가) 수령 법무사 유상증자 현금납입, 채권양도 통지 등 기업·법무사 유상증자 등기신청 및 등기 완료 법무사 개인기업 사업자 폐업 회사·세무사·회계사

6-3 사후절차 — 약 2주(사안에 따라 연장 가능) 주요 내용 담당 부동산 등 세감면 신청 법무사·세무사·회계사·기업 토지거래허가 신청(대상인 경우) 법무사·기업 필요시 개인기업의 각종 면허 이전 기업 부동산 소유권 및 권리 이전 법무사 공장등록 이전(공장인 경우) 기업 차량등록 이전, 기타 각종 이전절차 기업 개인기업 소득세·부가세 납부, 양도소득세 이월과세 신청 세무사·회계사·기업

7. 현물출자 대상과 가액은 어떻게 확정하나요

감정평가서상의 감정평가목록과 회계법인의 감정으로 출자 대상과 가액을 확정합니다. 이 단계에서 놓치기 쉬운 점이 세 가지 있습니다.

1. 가설건물이 있는 경우에도 이를 출자 대상에 포함하여야 합니다.
2. 사업용 자산과 부채는 모두 신설(통합)법인으로 이전하여야 합니다. 사업의 동일성 유지 요건과 직결됩니다.
3. 비사업용 자산과 부채는 이전하지 않는 것이 원칙입니다.

출자재산의 범위를 잘못 잡으면 '주된 자산의 모두 승계'와 '순자산가액 이상의 주식 취득'이라는 요건이 함께 무너집니다. 자산·부채 목록은 세무사·회계사와 함께 확정하고, 그 결과를 현물출자계약서·이사회의사록·주식인수증·배정표에 일관되게 반영해야 합니다.

순자산액을 1주의 발행가액으로 나누면 단주가 생깁니다. 실무에서는 단주에 해당하는 금액을 현물출자자에게 현금으로 반환하는 것으로 처리하고, 그 취지를 이사회의사록과 현물출자 확인서에 명시합니다.

8. 단계별 필요서류와 비용은 어떻게 됩니까

취득세 비중과를 위해 중소기업통합을 하기 위해 수도권과밀억제권역내에 본점을 둔 지 5년이 지난 법인(휴면회사 등이 아니어야 함)을 매입하여 중소기업통합을 하는 경우가 있습니다. 이때 필요한 서류입니다.

1. 법인등기사항증명서 1부, 법인인감증명서 1부, 법인인감카드, 법인도장
2. 주주명부 1부, 정관 사본 1부
3. 기존 임원 사임서(인감 날인), 기존 임원 인감증명서 2부
4. 기존 대표이사 주민등록초본(전 주소가 모두 나온 것) 1부
5. 신주주 인감도장 + 인감증명서 1부
6. 신임 임원 인감도장 + 인감증명서 2부, 주민등록초본 1부
7. 법인 양도에 따른 각종 서류는 별도로 확인

［법원 조사보고(신주발행 조사)］ 법인등기사항증명서 1부, 법인인감증명서 1부, 정관 사본 1부, 법인도장 임원 인감도장 + 인감증명서 1부 개인 사업자등록증 사본 현물출자자 인감도장 + 인감증명서 1부 감정평가서 1부(감정평가사 자격증 사본 첨부) 회계법인의 조사보고서 1부(회계법인 등기사항증명서·인감증명서·자격증 사본·임대차계약서 등 관련서류 첨부) 기타 법무사가 작성하는 서류

중소기업통합을 할 때 현물출자와 더불어 일정액의 현금을 출자하고 있습니다. 조세특례제한법상의 요건은 현물출자와 현금출자를 합한 금액을 기준으로 하기 때문입니다. * 법인등기사항증명서 1부, 법인인감증명서 1부, 정관 사본 1부, 법인도장 * 은행에 주금을 납입하고 주금납입금보관증명서를 발급받아야 함

법인등기사항증명서 1부, 법인인감증명서 1부, 법인도장, 법인사업자등록증 개인 사업자등록증 사본, 현물출자계약서 개인사업자의 재무상태표 및 재산목록 개인사업자 폐업확인원 개인 및 법인 부가세 2년치 납부사실증명서 ［ 소유권이전등기］ 현물출자자 인감증명서 1부, 인감도장, 주민등록초본(전 주소 포함) 1부, 신분증 사본 등기필정보, 법인등기사항증명서, 법인인감도장

부동산 감정가액과 순자산액이 확정되면 비용 산출이 가능합니다. 법원 보고비용, 법인등기 비용, 부동산 이전등기 비용이 발생합니다. 감정평가비용은 감정평가사마다 다르므로 거래하는 감정평가법인에 문의하셔야 합니다. 취득세·등록면허세의 감면은 현물출자가 지방세특례제한법 및 조세특례제한법상의 조건을 충족해야 가능하며, 그 충족 여부의 판단은 회계와 직결되는 문제이므로 현물출자자와 신주발행회사의 책임으로 판단하는 것이 실무의 관행입니다.

감면 요건 충족 여부를 누가 판단하는지는 수임 단계에서 명확히 해 두는 것이 좋습니다. 아래 '확인서' 서식이 그 취지를 문서로 남기는 장치입니다.

9. 실무서식 — 확인서(수임 시 설명 확인)

중소기업통합을 하고 난 후, 취득세 및 양도소득세에 대한 세무상 잇슈가 발생 할 수 있습니다. 이를 위해 법무사가 사전 설명과 고지를 한 후 이에 대한 확인을 받습니다.

본인들은 ○○시 ○○구 ○○(사업자명 '○○')의 ○○업에 관한 중소기업통합을 위한 현물출자를 법무사 ○○○에게 위임함에 있어서 다음의 사항들에 대한 내용을 들었고, 이를 확인합니다.

1) 조세특례제한법·지방세특례제한법상의 규정에 따라 신주발행회사의 신주발행가액 총액이 현물출자 대상 기업의 순자산가액 이상이어야 취득세 감면이 가능하다는 설명을 들었습니다. 순자산을 계산함에는 사업용 자산 및 부채가 전부 포함되어야 하며, 시가로 평가되어야 하고, 비사업용 자산 및 부채를 제외해야 한다는 설명을 들었습니다. 다만, 지방세특례제한법상의 취득세 감면요건을 충족하는지 여부는 현물출자자 및 신주발행회사가 판단해야 할 사항이며, 법무사는 그 요건을 충족함을 전제로 수임합니다. 법무사는 별도로 취득세 감면에 대한 수수료를 청구하지 않습니다. 취득세 감면 여부 및 취득세 중과 여부에 대한 판단은 현물출자자 및 신주발행회사의 책임입니다.

2) 통합일부터 5년 이내에

① 통합법인이 소멸되는 중소기업으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우,

② 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우에는 감면받은 취득세액을 추징한다는 설명을 들었음을 확인합니다.

10. 실무 체크포인트

1. 현물출자자가 이사인 경우 이사의 자기거래 승인(제398조, 이사 3분의 2 이상)을 함께 결의하고, 해당 이사를 표결에서 제외합니다.
2. 1차 이사회에서는 산정 기준만 정하고, 감정 결과가 나온 뒤 2차 이사회에서 주식 수·발행가액을 확정하는 방식이 안전합니다.
3. 발행가액과 배정 주식 수는 순자산가액 이상이라는 세법 요건에 맞추어 역산합니다. 이사회의사록·현물출자계약서·주식인수증·배정표의 수치를 반드시 일치시켜야 합니다.
4. 단주는 현금으로 반환하는 것으로 정리하고 그 취지를 의사록과 확인서에 남깁니다.
5. 감정평가가 늦어지면 전체 일정이 밀립니다. 감정평가 의뢰와 회계법인 조사보고서 작성을 병행할 수 있도록 초기에 일정을 잡아 둡니다.
6. 취득세 감면율·일몰기한·제외업종은 개정이 잦습니다. 특히 부동산 임대 및 공급업 제외 문언이 신설되었으므로 업종부터 확인해야 합니다.
7. 통합 후 5년간은 승계자산의 처분과 주식 처분(유상감자·불균등 무상감자 포함)에 유의해야 합니다.
8. 감면 요건 충족 여부의 판단 주체를 수임 단계에서 문서로 명확히 해 두는 것이 분쟁 예방에 도움이 됩니다.