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중소기업통합 법인전환의 장점 및 주의할 점

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2024-05-03

개인기업을 법인으로 전환할 때 중소기업통합 방식을 쓸 수 있나요?

결론

중소기업통합은 조세특례제한법 제31조에 근거한 것입니다.

중소기업 간 통합으로 사업용고정자산을 통합법인에 양도하면 양도소득세 이월과세를 적용받을 수 있습니다.

설립 후 5년 이상 된 기존 법인에 통합하면 취득세·등록면허세 중과를 피할 수 있어 수도권과밀억제권역에서는 현물출자에 의한 개인기업 법인전환보다 유리할 수 있습니다.

다만 부동산 임대업은 취득세 감면 대상에서 제외되고, 통합 후 5년 이내에 승계받은 사업을 폐지하면 취득세 감면과 양도소득세 이월과세를 모두 잃게 됩니다.

개인사업자와 양수 법인의 주주가 특수관계인이면 상증법상 증여세 문제가 발생할 수 있으므로 감정평가와 발행가액 산정을 신중하게 검토해야 합니다.

1. 개인기업을 법인으로 전환하는 세 가지 방법

개인기업을 법인으로 전환하는 세 가지 방법이 있습니다. 첫번째는 [포괄적 사업양수도] 입니다. 개인사업자가 부동산이 없어서 취득세나 양도소득세 이월과세 문제가 발생하지 않을 경우, 개인사업자가 상법에 따라 현금을 납입하여 주식회사를 설립합니다. 주식회사를 설립한 후 3개월 이내에 개인사업자와 주식회사간에 포괄적 사업양수도계약을 체결합니다. 3개월 이내에 포괄적 사업양수도계약을 체결하면, 양도되는 자산에 부과되는 부가가치세가 면제됩니다. 양도대금을 현금으로 지급하거나, 미지급금으로 계상해 놓습니다. 만약 부동산이 있다면 조세특례제한법에 의한 사업양수도절차를 거쳐야 양도소득세가 이월과세되고, 취득세가 감면됩니다.

두번째는 [개인기업을 현물출자하여 법인을 설립] 합니다. 조세특례제한법 및 지방세특례제한법 상의 요건을 충족할 경우 양도소득세가 이월과세되고, 취득세가 감면됩니다.

세번째는 [중소기업통합에 의한 법인전환] 입니다. 오늘 다루어야 할 주제입니다.

2. 중소기업통합은 상법상 개념이 아니라 조세특례제한법상 실무 개념입니다

중소기업통합은 상법상 개념이 아닙니다. 조세특례제한법에 나와 있는 개념인데, 처음 이 개념을 접했을 때 아무리 조세특례제한법을 살펴봐도 그 뜻을 알 수가 없었습니다. 도대체 어떻게 하는 게 중소기업통합개인가요? 지금도 의문이 여전히 남아 있습니다. 지극히 실무적 개념이고, 중소기업통합에 대해 설명한 자료를 찾아보는 것은 가능해 보이지 않습니다. 고등학교 1년 선배이신 공인회계사 이철호 님이 쓰신 [개인기업법인전환 실무해설] 에는 ' 기업통합은 둘 이상의 기업을 하나의 기업으로 합치는 것을 의미하며, 경제학상 기업집중의 한 형태인 기업합동과 같은 개념이다' 라고 설명하고 있습니다.

차라리 이 책을 확인하지 않는 것이 더 좋았을 것 같습니다. 설명을 들어보니 알듯말듯하던 중소기업 통합의 뜻이 미궁으로 빠집니다. 그 뜻을 이해하는 것을 포기하고, 왜 이런 법을 만들었는지 그 취지를 살펴봅니다. 대법원 판례에 따르면 '중소기업 간의 통합을 위하여 사업용 고정자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 과세시기를 통합법인이 이를 양도하는 시점으로 늦추고 아울러 그 납세의무자도 개인이 아닌 통합법인으로 변경함으로써 중소기업 간의 원활한 구조조정을 지원하려는 데 있는 점 '이고, 실무자의 입장에서는 고객의 이러한 니드가 있을 때, 중소기업 통합을 활용하는 것이 하나의 방편이라고 하는 실용주의 노선을 취합니다.

3. 실무상 활용되는 중소기업통합의 유형은 무엇인가요

①개인중소기업과 개인중소기업이 통합

개인기업과 개인기업을 통합하여 하나의 법인을 설립하는 케이스입니다. 임대업을 영위하는 김갑동과 같은 임대업을 영위하는 성춘심(둘은 부부임)이 각각의 임대업을 현물출자의 방식으로 통합하여 하나의 법인(주식회사)를 설립합니다. 두 사업자가 하나의 법인으로 통합된 것입니다. 임대업을 영위하는 김갑동이 두개의 임대업을 통합하여 하나의 법인을 설립 할 때에는 염법은 현물출자에 의한 중소기업 통합의 방법으로 하나의 법인을 설립합니다. 기업을 하나의 단위로 보아 비록 한 사람이 경영하는 두개의 기업을 현물출자할 경우에는 중소기업통합으로 보는 것이 타당하다고 판단하고 있습니다. 물론 부동산 임대업을 현물출자하는 것이 아니라, 두 개의 개별적인 부동산을 현물출자하여 법인을 설립할 경우에는 중소기업통합이 아닙니다.

부동산 임대업을 영위하던 김갑통이 대주주로 있는 주식회사 00에 부동산임대업을 흡수통합시켜 하나의 법인(주식회사 00)으로 운영하는 것입니다. 실무상 가장 많이 활용되고 있는 중소기업통합의 방식입니다.

4. 현물출자에 의한 법인전환과 중소기업통합, 세금 면에서 무엇이 다른가요

현물출자의 방식으로 개인기업을 법인으로 전환하는 것과, 현물출자의 방식으로 개인기업을 주식회사와 통합할 때 어떤 중요한 차이가 있는지 알아 봅니다.

취득세 중과 여부가 먼저 갈립니다.

조세특례제한법 제32조 제1항(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.
다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다. <개정 2013.1.1, 2020.12.29>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101
조세특례제한법 제31조 제1항(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.
<개정 2013.1.1>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101

현물출자로 개인기업 법인전환을 할 때에는 양도소득세 이월과세에서 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외하므로 주택을 현물출자할 경우에는 양도소득세 이월과세가 되지 않습니다. 그런데 중소기업통합에서는 임대용 부동산인지 여부와 관계없이 조세특례제한법에서 정한 사업용 고정자산일 경우에는 양도소득세가 이월과세 됩니다. 주택이나 상가도 중소기업통합의 방식으로 현물출자를 할 경우 양도소득세가 이월과세가 됩니다.

개인기업 법인전환으로 설립되는 법인의 등록면허세를 납부하는데, 법인이 수도권과밀억제권역에 있을 경우에는 등록면허세가 중과되지만 중소기업통합의 경우 설립된 후 5년 이상 된 법인에 중소기업통합을 할 경우에는 등록면허세가 비중과 될 수 있습니다 (있습니다로 표현한 것은 비중과와 관련해서는 추가적인 검토사항이 있을 수 있어서 그렇습니다).

개인기업 법인전환의 경우에는 액면금 * 발행주식수로 자본금을 계산하여 등록면허세를 납부하지만, 중소기업통합의 경우 액면금 * 순자산을 발행가액으로 나눈 주식수로 증가하는 자본금을 계산하여 등록면허세를 납부하므로, 할증발행을 할 때 등록면허세가 절감된다.

개인기업 법인전환의 경우 소유권이전등기를 할 때 국민주택채권매입의 의무가 면제되지만, 중소기업통합의 경우에는 국민주택채권을 매입한다.

5. 중소기업통합의 요건과 이월과세 절차

조세특례제한법 제31조는 이월과세의 요건과 사후관리를 정하고, 세부 범위는 시행령이 정합니다.

  1. 1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인(이하 이 조에서 “통합법인”이라 한다)의 주주 또는 출자자일 것
  2. 2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

이월과세를 적용받으려면 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고 시 통합법인과 함께 이월과세적용신청서를 관할 세무서장에게 제출해야 합니다.

6. 중소기업통합의 취득세 감면

지방세특례제한법은 중소기업 통합 시 취득세 감면을 두고 있으나, 부동산 임대 및 공급업은 제외됩니다.

지방세특례제한법 제57조의2 제3항(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업용 재산을 2027년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.
다만, 제7호의 경우에는 취득세를 면제한다. <개정 2015.12.29, 2016.12.27, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.29, 2024.12.31, 2025.10.1>1. 삭제<2024.12.31>이하 조문 전문은 국가법령정보센터에서 보실 수 있습니다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260602

7. 중소기업통합으로 개인기업의 사업이 폐지되는 경우

김길동은 인천 남동구에서 제조업을 하고 있습니다. 제조업은 주식회사로 운영하고, 토지와 건물은 김길동 개인의 소유로 김길동이 임대사업자가 되어 제조업에 임대를 해 주고 있습니다. 김길동은 개인사업자인 부동산임대업을 제조업을 하는 주식회사로 중소기업통합을 하려고 합니다.

이 때 염춘필 법무사, 손을 번쩍들어 '문제있습니다! '라고 큰 소리로 외칩니다. 염춘필 법무사는 왜 그랬을까요?

사례의 경우 임대업을 주식회사와 통합을 하면, 주식회사의 본점용 부동산이 되므로, 개인사업자가 영위하던 부동산임대업은 설립과 동시에 폐지가 됩니다. 5년 이내에 양수받은 사업을 폐지하는 것이 되므로, 취득세도 감면받을 수 없고, 양도소득세도 이월과세가 되지 않습니다.

8. 양수 법인의 주주와 특수관계인일 때는 왜 문제가 되나요

개인사업자와 양수받는 주식회사의 주주가 특수관계인일 경우에 상증법상의 증여세 문제가 발생할 수 있습니다. 따라서 개인사업자의 부동산도 두 군데에서 감정평가를 받아야 하며, 법인의 발행가액 산정을 할 때도 정말 잘 살펴보아야 합니다.

자주 묻는 질문

중소기업통합 후 5년이 지나기 전에 통합법인 주식을 절반 이상 처분하면 어떻게 되나요?
이월과세 적용을 받은 사람은 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 이월과세액을 양도소득세로 납부해야 합니다.
설립 1년이 안 된 법인에 개인의 사업을 넣어도 중소기업통합으로 인정되나요?
설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 과점주주인 개인의 사업을 승계하는 것은 통합으로 보지 아니합니다.
주택을 중소기업통합 방식으로 현물출자하면 양도소득세 이월과세가 되나요?
중소기업통합에서는 임대용 부동산인지 여부와 관계없이 조세특례제한법에서 정한 사업용 고정자산이면 양도소득세가 이월과세되므로, 주택이나 상가도 이월과세가 됩니다.
중소기업통합과 개인기업 법인전환 중 어느 쪽이 국민주택채권 매입 부담이 적나요?
개인기업 법인전환은 소유권이전등기 시 국민주택채권 매입 의무가 면제되지만, 중소기업통합은 국민주택채권을 매입해야 합니다.
중소기업통합은 사업 폐지 여부와 특수관계인 문제 등 사후 리스크가 크므로, 실행 전에 세무사·회계사와 함께 사업용 고정자산 요건과 감정평가를 먼저 점검하시기 바랍니다.
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