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합병에 따른 부동산 소유권 이전 과세표준액

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2025-04-02

법인 합병으로 부동산을 취득하면 취득세 과세표준은 무엇인가요?

결론

합병을 원인으로 부동산을 취득하면 취득당시가액은 원칙적으로 시가인정액이고, 시가인정액을 산정하기 어려울 때는 시가표준액입니다.

합병·분할에 따른 부동산 취득에는 일반 세율이 적용되나 존속회사가 수도권과밀억제권역에 있으면 중과 여부를 검토해야 하고, 적격합병 요건을 갖추면 취득세의 100분의 60 경감과 농어촌특별세 비과세가 따릅니다.

1. 합병으로 부동산을 취득하면 과세표준은 무엇이 되나요

지방세법 제10조의5 제3항(무상취득ㆍ유상승계취득ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례)③ 제10조의2부터 제10조의4까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호의 경우 취득당시가액의 산정 및 적용 등은 대통령령으로 정한다.
1. 대물변제, 교환, 양도담보 등 유상거래를 원인으로 취득하는 경우2. 법인의 합병ㆍ분할 및 조직변경을 원인으로 취득하는 경우이하 조문 전문은 국가법령정보센터에서 보실 수 있습니다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101

위임을 받은 시행령은 합병 등을 원인으로 취득하는 경우의 취득당시가액을 다음과 같이 정합니다.

제18조의4(유상ㆍ무상ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) ① 법 제10조의5제3항 각 호에 따른 취득의 경우 취득당시가액은 다음 각 호의 구분에 따른 가액으로 한다. 2. 법 제10조의5제3항제2호의 경우: 시가인정액. 다만, 시가인정액을 산정하기 어려운 경우 취득당시가액은 시가표준액으로 한다.

2. 시가인정액은 어떻게 정하나요

시가인정액의 개념은 지방세법이 직접 정의합니다.

지방세법 제10조의2 제1항(무상취득의 경우 과세표준)① 부동산등을 무상취득하는 경우 제10조에 따른 취득 당시의 가액(이하 "취득당시가액"이라 한다)은 취득시기 현재 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액(매매사례가액, 감정가액, 공매가액 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 가액을 말하며, 이하 "시가인정액"이라 한다)으로 한다.
법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101

시가인정액을 구체적으로 어떤 가액으로 볼지는 시행령이 정하고 있습니다.

제14조(시가인정액의 산정 및 평가기간의 판단 등)

① 법 제10조의2제1항에서 “ 매매사례가액, 감정가액, 공매가액 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 가액”(이하 “시가인정액”이라 한다)이란 취득일 전 6개월부터 취득일 후 3개월 이내의 기간 (이하 이 절에서 “평가기간”이라 한다)에 취득 대상이 된 법 제7조제1항에 따른 부동산 등(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)에 대하여 매매, 감정, 경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 장에서 같다) 또는 공매(이하 이 조에서 “매매등”이라 한다)한 사실이 있는 경우의 가액으로서 다음 각 호의 구분에 따라 해당 호에서 정하는 가액을 말한다.

  1. 1. 취득한 부동산등의 매매사실이 있는 경우 : 그 거래가액. 다만, 「소득세법」 제101조제1항 또는 「법인세법」에 따른 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우는 제외한다.
  2. 2. 취득한 부동산등에 대하여 둘 이상의 감정기관(행정안전부령으로 정하는 공신력 있는 감정기관을 말한다. 이하 같다)이 평가한 감정가액이 있는 경우 : 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각 목의 가액은 제외하며, 해당 감정가액이 법 제4조에 따른 시가표준액에 미달하는 경우나 시가표준액 이상인 경우에도 「지방세기본법」 제147조제1항에 따른 지방세심의위원회(이하 “지방세심의위원회”라 한다)의 심의를 거쳐 감정평가 목적 등을 고려하여 해당 감정가액이 부적정하다고 인정되는 경우에는 지방자치단체의 장이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액으로 하며, 그 가액이 납세자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 납세자가 제시한 감정가액으로 한다.
  3. 가. 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 해당 부동산등을 평가하는 등 취득세의 납부 목적에 적합하지 않은 감정가액
  4. 나. 취득일 현재 해당 부동산등의 원형대로 감정하지 않은 경우 그 감정가액
  5. 3. 취득한 부동산등의 경매 또는 공매 사실이 있는 경우: 그 경매가액 또는 공매가액

② 제1항 각 호의 가액이 평가기간 이내의 가액인지에 대한 판단은 다음 각 호의 구분에 따른 날을 기준으로 하며, 시가인정액이 둘 이상인 경우에는 취득일 전후로 가장 가까운 날의 가액(그 가액이 둘 이상인 경우에는 평균액을 말한다)을 적용 한다.

  1. 1. 제1항제1호의 경우: 매매계약일
  2. 2. 제1항제2호의 경우: 가격산정기준일과 감정가액평가서 작성일
  3. 3. 제1항제3호의 경우: 경매가액 또는 공매가액이 결정된 날

평가기간에 해당하지 않는 매매사례라도 지방세심의위원회 심의를 거쳐 시가인정액으로 인정받을 수 있는 길이 마련되어 있습니다.

③ 제1항에도 불구하고 납세자 또는 지방자치단체의 장은 취득일 전 2년 이내의 기간 중 평가기간에 해당하지 않는 기간에 매매등이 있거나 평가기간이 지난 후에도 법 제20조제1항에 따른 신고ㆍ납부기한의 만료일부터 6개월 이내의 기간 중에 매매등이 있는 경우에는 행정안전부령으로 정하는 바에 따라 지방세심의위원회에 해당 매매등의 가액을 제1항 각 호의 가액으로 인정하여 줄 것을 심의요청할 수 있다.

④ 제3항에 따른 심의요청을 받은 지방세심의위원회는 취득일부터 제2항 각 호의 날까지의 기간 중에 시간의 경과와 주위환경의 변화 등을 고려할 때 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정하는 경우에는 제3항에 따른 기간 중의 매매등의 가액을 제1항 각 호의 가액으로 심의ㆍ의결할 수 있다. <

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따라 시가인정액으로 인정된 가액이 없는 경우에는 취득한 부동산등의 면적, 위치, 종류 및 용도와 법 제4조에 따른 시가표준액이 동일하거나 유사하다고 인정되는 다른 부동산등(이하 “유사부동산등”이라 한다)의 제1항 각 호에 따른 가액[취득일 전 1년부터 법 제20조제1항에 따른 신고ㆍ납부기한의 만료일까지(이하 “유사부동산등 평가기간”이라 한다)의 가액으로 한정한다]을 해당 부동산등의 시가인정액으로 본다.

3. 합병으로 부동산을 취득하면 중과세율이 적용되나요

존속회사가 수도권과밀억제권역일 경우 중과여부 검토

지방세법 제11조 제5항(부동산 취득의 세율)⑤ 법인이 합병 또는 분할에 따라 부동산을 취득하는 경우에는 제1항제7호의 세율을 적용한다.
<신설 2023.3.14>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101

지방세법 제11조 제5항이 합병 또는 분할에 따른 부동산 취득에 제1항 제7호의 일반 세율 적용을 명시하고 있으므로, 존속회사가 수도권과밀억제권역에 있는 경우에도 위 항이 우선 적용되는지 중과 규정과의 관계를 사안별로 확인한 뒤 세율을 확정할 필요가 있습니다.

4. 적격합병이면 취득세 감면을 받을 수 있나요

감면 대상이 되는 합병의 범위는 시행령이 정하고 있습니다.

제28조의2(법인 합병의 범위 등)

① 법 제57조의2제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 합병”이란 합병일 현재 「조세특례제한법 시행령」 제29조제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우로서 합병일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 소비성서비스업의 사업별 수입금액이 가장 큰 경우를 포함하며, 이하 이 항에서 “소비성서비스업”이라 한다)을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인(이하 이 항에서 “합병법인”이라 한다) 간의 합병을 말한다. 이 경우 소비성서비스업을 1년 이상 영위한 법인이 합병으로 인하여 소멸하고 합병법인이 소비성서비스업을 영위하지 아니하는 경우에는 해당 합병을 포함한다.

② 법 제57조의2제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

  1. 1. 합병등기일까지 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 법인
  2. 2. 합병등기일까지 「중소기업 기술혁신 촉진법」 제15조와 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 법인
  3. 3. 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 「조세특례제한법」 제10조제1항 각 호 외의 부분 전단에 따른 연구ㆍ인력개발비가 매출액의 100분의 5 이상인 중소기업
  4. 4. 합병등기일까지 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 인증 등을 받은 중소기업
  5. 가. 「보건의료기술 진흥법」 제8조제1항에 따른 보건신기술 인증
  6. 나. 「산업기술혁신 촉진법」 제15조의2제1항에 따른 신기술 인증
  7. 다. 「산업기술혁신 촉진법」 제16조제1항에 따른 신제품 인증
  8. 라. 「제약산업 육성 및 지원에 관한 특별법」 제7조제2항에 따른 혁신형 제약기업 인증
  9. 마. 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」 제18조제1항에 따른 중견기업등의 선정

한편 지방세특례제한법이 말하는 적격합병의 요건은 법인세법이 정합니다.

  1. 1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.
  2. 2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것
  3. 3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것. 다만, 피합병법인이 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인인 경우에는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.
  4. 4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

5. 감면을 받으면 농어촌특별세는 어떻게 되나요

농어촌특별세법 제4조(비과세)다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.
<개정 1994.12.22, 1995.12.29, 1996.10.2, 1997.8.30, 1997.12.13, 1998.2.24, 1998.9.16, 1998.12.28, 1999.2.5, 1999.12.28, 2000.10.21, 2000.12.29, 2004.7.26, 2009.3.18, 2009.4.1, 2010.3.31, 2010.12.30, 2011.12.31, 2014.1.1, 2014.5.14, 2014.12.31, 2015.6.22, 2015.12.15, 2016.12.20, 2018.12.31, 2019.12.31, 2021.12.21, 2022.12.31, 2023.12.31, 2024.12.31, 2026.1.27, 2026.4.21, 2026.5.12>1. 국가(외국정부를 포함한다)ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 대한 감면이하 조문 전문은 국가법령정보센터에서 보실 수 있습니다.법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260512

지방세특례제한법 제57조의2 제1항에 따른 감면은 법인세법 제44조 제2항 각 호의 요건을 충족하거나 같은 조 제3항에 해당하여 양도손익이 없는 것으로 한 합병의 경우로 한정되어 농어촌특별세 시행령상 비과세 감면 목록에 포함되므로, 적격합병 요건 충족 여부가 농어촌특별세 비과세의 전제가 됩니다.

자주 묻는 질문

합병과 분할은 세율 적용에서 어떤 차이가 있나요?
지방세법 제11조 제5항은 합병과 분할 모두에 제1항 제7호의 일반 세율을 적용하도록 정하고 있습니다.따라서 분할로 부동산을 취득하는 경우에도 같은 세율 규정이 적용됩니다.
적격합병 요건을 일부 갖추지 못한 경우에도 감면이 가능한가요?
대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 일부 요건을 갖추지 못했더라도 적격합병으로 볼 수 있습니다.요건 미충족 사유가 있는지를 감면 신청 전에 따로 확인해 두는 것이 좋습니다.
합병 등기 전에 과세표준이 될 시가인정액과 세율, 감면 및 농어촌특별세 비과세 요건을 함께 점검하는 순서로 진행하십시오.
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