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중소기업통합을 할 때 주의할 점(현물출자기준일과 현물출자효력발생일 사이에 발생한 이익의 귀속문제)

한길합동법무사사무소 · 법무사 염춘필 · 2026-06-04

중소기업통합으로 법인전환할 때 현물출자기준일과 효력발생일 사이에 이익이 발생하면 조세특례제한법 이월과세 요건을 충족하지 못하게 되나요?

결론

중소기업통합에서 통합으로 소멸하는 사업장의 중소기업자가 취득할 주식·지분의 가액이 통합일 현재 순자산가액 이상이어야 이월과세가 적용됩니다.

현물출자기준일(개인기업 결산일)과 주금납입일 사이에 이익이 발생하면 순자산가액이 커져 이 요건을 충족하지 못할 수 있습니다.

요건을 충족하지 못하면 취득세 감면과 양도소득세 이월과세를 모두 받을 수 없고, 세무조사에서 가산세까지 물 수 있습니다.

주금납입일에 상당한 이익이 예상되면 그 이전에 이익 상당액을 개인기업에서 인출해 두어야 이 문제를 피할 수 있습니다.

1. 현물출자는 기준일에 목적물과 가액을 확정하는 절차로 시작됩니다

먼저 현물출자와 관련한 설명을 한 후 중소기업통합에 대해 설명하는 것이 이해하기 편할 것 같아 그러한 순으로 이야기를 해 보겠습니다.

제조업이나 임대용상가를 현물출자를 한다고 가정합니다. 현물출자를 할 경우 먼저 현물출자의 목적물과 수량 및 가액을 확정해야 합니다. 개인기업을 마감하는 날을 '현물출자 기준일'이라 합니다. 이 기준일에 개인기업 결산을 해서 현물출자의 목적물과 수량 및 가액을 확정합니다. 일반적으로 기준일에 개인기업을 폐업하고, 기준일 다음 날 법인사업자를 내고 있습니다. 일반적이라 말씀드렸습니다. 꼭 그렇게 할 필요는 없지만 대부분의 실무는 그렇게 돌아 간다는 뜻입니다. 법인설립일을 기준으로 전일에 개인사업자를 폐업하고, 법인설립일에 법인사업자를 낼 수 있지만, 그렇게 하는 경우는 많지 않습니다.

2. 기준일과 법인설립등기일 사이 손익은 법인에 귀속하나요?

현물출자 기준일에 개인기업을 폐업하고, 그 다음날 법인사업자를 내는 경우 현물출자기준일과 법인설립등기일 사이에 발생한 손익은 법인에 귀속합니다. 따라서 기준일에 신설회사의 자본금이 개인기업의 순자산액 (기준일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액) 이상이면 설립 등기 후에도 신설회사의 자본금이 개인기업 순자산액 이상입니다.

3. 중소기업통합에서는 왜 기준일과 납입일 사이 이익이 문제가 되나요?

현물출자와 달리 중소기업통합은 절차가 길어 그 사이에 생긴 이익이 법 요건을 흔들 수 있다는 점이 핵심입니다.

그런데 개인기업을 법인(주식회사)에 통합하는 경우 납입일에 중소기업의 통합효력이 발생합니다. 이 사이에 개인기업마감/ 부동산감정평가/ 회계법인 감정평가/감정서 법원인가 등의 절차를 거치므로 기준일 몇 개월 후에 주금납입(현물출자 인도일)이 이루어지고, 이 사이에 이익이 발생했을 경우 현물출자의 효력발생일 기준으로 '통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다.

이하 같다)이상일 것'이라는 조세특례제한법 조건을 충족할 수 없는 경우가 발생할 수 있습니다. 이익이 나는 회사라면 그렇습니다. 이익이 나면 소멸하는 주금납입일 시점에서는 개인사업자의 순자산가액이 증가했을 것이기 때문입니다. 그래서 중소기업통합을 위해 일부 현금추가하지만 이 기간사이에 발생한 이익이 이를 초과할 수 있습니다. 그렇게 되면 조세특례제한법 조건을 충족할 수 없습니다. 조세특례제한법 조건을 충족하지 못하면 취득세도 감면되지 않고, 양도소득세도 이월과세가 되지 않습니다. 세무조사 때 밝혀지면 가산세까지 내야 하는 끔찍한 경우가 발생할 수 있습니다.

조세특례제한법 제31조 제1항(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.
<개정 2013.1.1>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101

4. 통합 요건 중 순자산가액 요건은 어떻게 규정되어 있나요?

이 쟁점의 판단 기준이 되는 시행령 요건을 원문 인용으로 확인합니다.

제28조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)

① 법 제31조 제1항 에서 “대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합”이란 제29조 제3항 에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」 에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」 제39조 제2항 의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

<개정 2001. 12. 31., 2002. 12. 30., 2003. 12. 30., 2005. 2. 19., 2006. 2. 9., 2010. 2. 18., 2013. 2. 15.>

  1. 1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인(이하 이 조에서 “통합법인”이라 한다)의 주주 또는 출자자일 것
  2. 2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

② 제1항의 적용대상이 되는 중소기업 간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다. ③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

5. 해결 방법은 무엇입니까?

위와 같이 중소기업 통합의 경우 현물출자의 효력발생일인 주금납입일에 개인기업 가결산을 해서 상당한 이익이 발생할 것이 예상되는 경우에는 개인기업에서 이익에 상당하는 금액을 주금납입일 이전에 인출해야 합니다. 그러면 위와 같은 문제가 발생하지 않습니다.

6. 현물출자에 의한 법인전환 이월과세 규정은 어떻게 다릅니까?

통합이 아닌 일반 현물출자 법인전환은 별도 조문으로 다스려집니다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다. ③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

조세특례제한법 제32조 제1항(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.
다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다. <개정 2013.1.1, 2020.12.29>법령 원문 기준: 국가법령정보센터 · 시행일 20260101

시행령 쪽 규정도 원문 인용으로 살펴봅니다.

②법 제32조제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법”이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다. <개정 2006. 2. 9., 2009. 6. 19., 2010. 12. 30., 2021. 2. 17.>

③ 법 제32조제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 소비성서비스업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 말한다. <신설 2010. 2. 18., 2021. 2. 17., 2025. 12. 30.>

  1. 1. 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업은 제외한다)
  2. 2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」 제21조에 따른 단란주점 영업만 해당하되, 「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다)
  3. 3. 그 밖에 오락ㆍ유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 재정경제부령으로 정하는 사업

④법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2000. 1. 10., 2001. 12. 31., 2008. 2. 29., 2010. 2. 18., 2025. 12. 30.>

⑤ 법 제32조제2항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2002. 12. 30., 2010. 2. 18.>

자주 묻는 질문

이월과세를 받으려면 신청을 따로 해야 하나요?
중소기업통합과 현물출자 법인전환 모두 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 이월과세를 적용받을 수 있습니다.
기준일 폐업 대신 법인설립일 전일에 개인사업자를 폐업해도 되나요?
법인설립일 기준으로 전일에 개인사업자를 폐업하고 법인설립일에 법인사업자를 낼 수 있지만 실무에서 그렇게 하는 경우는 많지 않습니다.
중소기업통합을 준비 중이라면 주금납입일 이전에 개인기업 가결산으로 예상 이익을 미리 확인하고, 그 상당액을 납입일 전에 인출해 두시기 바랍니다.
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