회사분할등기에 따른 제세금 및 실무 POINT

1. 분할설립회사의 설립등기 등록세는 중과될까요

예전에 월간지에 게재했던 글인데 관계 법령등이 바뀌어서 2025년 3월 21일 기준으로 내용을 전부 수정 했습니다.

Ⅰ. 법인등기

1. 분할 설립회사의 설립등기 등록세

상법에서 정한 절차에 따라 회사를 분할하여 분할설립되는 회사의 본점소재지가 수도권과밀억제권역이라면 설립등기시 납부하여야 할 등록세는 설립자본금의 12/1000(중과세)다.

(1) 설립등기의 등록세 비중과 여부

그러나 지방세법 시행령 제27조의 조건을 충족하는 때에는 수도권과밀억제권역내라 하더라도 설립시 납부하는 등록세가 비중과(4/1000)가 되는데, 분할하는 회사가 5년이상 계속하여 사업을 영위하여야 하며, 수도권과밀억제권역내의 내국법인이어야 하며, 법인세법에서 정한 적격분할요건을 갖추어야 한다.

관련법률규정

2. 본점이 수도권 밖에 있으면 비중과가 될까요

(2)실무상 주의할 점

CASEⅠ

주식회사 한길은 5년이상 사업을 영위한 법인으로, 경영의 효율성을 위해 법인세법에서 정한 적격분할요건을 충족하는 방식으로 주식회사 큰새을 분할설립하였다. 주식회사 한길의 본점소재지는 대전이며, 주식회사 큰새의 본점소재지는 서울이다. 주식회사 큰새의 등록세 중과여부는?

지방세법 시행령에 따라 분할설립회사의 등록세가 비중과되는 핵심요건의 하나는 대도시(수도권과밀억제권역)내에 본점소재지를 영위하는 법인이 분할설립하여야 한다는 점 이다. 따라서 사례와 같이 대전지역(수도권과밀억제권역 이외의 지역)에 본점을 둔 주식회사 한길은 비록 5년 동안 사업을 영위하고, 법인세법상의 특례요건을 갖추었다 하더라도, 설립시에 납부하는 등록세는 중과세 된다. 실무상 착오를 일으키기 쉬우므로 주의하여야 한다.

3. 비중과를 위한 적격분할 요건은 무엇인가요

(3) 법인세법 시행령의 특례요건을 갖춘 분할 분할설립되는 회사가 수도권과밀억제권역내에서 설립당시 납부하는 등록세에 대해 비중과 를 적용받기 위해서는 법인세법의 특례분할의 규정에 따른 분할이어야 하며, 특례분할의 요건은 아래와 같다.

1. 1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 다음 각 목의 요건을 모두 갖추어 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)
2. 2. 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 분할대가의 전액이 주식인 경우(분할합병의 경우에는 분할대가의 100분의 80 이상이 분할신설법인등의 주식인 경우 또는 분할대가의 100분의 80 이상이 분할합병의 상대방 법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인의 주식인 경우를 말한다)로서 그 주식이 분할법인등의 주주가 소유하던 주식의 비율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것
3. 3. 분할신설법인등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 계속할 것
4. 4. 분할등기일 1개월 전 당시 분할하는 사업부문에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 분할신설법인등이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

4. 분할 후 증자등기 때에도 중과를 피할 수 있나요

2.분할신설회사의 분할 후 신주발행에 의한 증자 등기를 할 때 등록세 중과여부

분할신설회사가 수도권과밀억제권역내에서의 사업을 영위한 기간 뿐만 아니라, 분할되는 회사의 수도권과밀억제권역내에서의 사업을 영위한 기간을 합산하여 분할신설회사의 증자등기시 등록세 중과여부를 결정 한다. 따라서 증자등기를 신청하는 시점을 기준으로 하여 분할신설회사와 분할되는 회사가 수도권과밀억제권역내에서 5년 이상 사업을 영위한 회사라면 증자에 따른 등록세는 비중과되며, 5년 이상 사업을 영위하지 못했다면 중과된다.

5. 부동산등기의 등록세는 감면이 되나요

Ⅱ. 부동산등기 회사분할을 원인으로 분할전 회사 소유의 부동산에 대한 권리를 분할설립회사과 포괄적 승계를 받을 때에 등록세 및 취득세를 납부한다. 다만 특례분할일 때에는 등록세와 취득세 등이 감면된다. 회사분할을 원인으로 소유권이전 등 부동산등기를 할 때 발생하는 실무상 제문제를 살펴본다.

1. 등록세 회사분할에 따른 등록세 감면규정이 없다. 다만 위에서 밝힌 바와 같이 등록면허세가 비중과 되는 경우가 있다. 분할에 따라 분할신설회사로 (근)저당권, 전세권, 임차권 등이 승계될 때에도 등록면허세 감면규정이 없다.

6. 취득세 경감 요건은 무엇인가요

2. 취득세 (1) 경감규정

제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업용 재산 을 2027년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 50을 경감 한다. 다만, 제7호의 경우에는 취득세를 면제한다.

2. 「법인세법」 제46조제2항 각 호(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제1항을 말한다)의 요건을 갖춘 분할 (같은 법 제46조제3항에 해당하는 경우는 제외한다)로 인하여 취득하는 사업용 재산. 다만, 분할등기일부터 3년 이내에 같은 법 제46조의3제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제3항을 말한다) 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감받은 취득세를 추징한다.

(2)소결 법인세법의 적격분할의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 사업용재산에 대해서만 취득세가 경감되며, 비사업용 재산에 대해서는 취득세가 경감되지 않는다. 법인세법의 적격분할 요건을 갖추지 못한 분할은 사업용과 비사업용을 불문하고 취득세를 경감하지 않는다.

7. 지방교육세와 농특세는 어떻게 되나요

3. 지방교육세 설립시에는 등록면허세의 20%에 해당하는 지방교육세를 납부한다. 소유권이전등기시에는 중과세율2%의 20%에 해당하는 지방교육세를 납부한다.

4. 농특세 (1) 감면규정 농어촌특별세법

취득세 경감이 농특세 면제로 이어지는 연결 고리는 시행령의 열거에 있습니다.

(2)소결 취득세가 경감되는 때에는 면제되는 취득세의 20%에 해당하는 농특세과 부과되나, 농어촌특별세법 시행령 제4조에 의거하여 취득세 경감될 때에는 농어촌특별세도 면제된다.

8. 국민주택채권 매입은 면제되나요

5. 채권 (1) 감면규정 주택도시기금법 시행규칙

별표 [별표 1] 국민주택채권의 매입이 일부 면제되는 범위(제6조제1항 관련

5. 다음 각 목의 등기를 신청하는 자 가. 「상법」에 따라 합병ㆍ분할합병(이하 "합병" 이라한다)으로 설립되는 법인 또는 합병 후 존속되는 법인의 합병에 따른 등기 1) 합병에 의하여 신설되는 경우에는 설립등기를 한 회사 2) 합병 후 존속되는 경우에는 변경등기를 한 회사 3) 중소기업을 경영하는 자가 법인을 설립하는 경우에는 설립등기를 하는 자 가) 합병에 의하여 신설되거나 합병 후 존속되는 회사의 경우에는 소멸한 회사로부터 승계한 부동산 및 부동산에 관한 권리의 등기

(1) 합병에 의하여 신설되거나 합병 후 존속되는 회사의 경우 그 설립 또는 변경의 내용이 기재된 법인 등기사항증명서 (2) 등기대상 부동산이 합병에 의하여 소멸한 회사의 재산임을 증명하는 등기사항증명서

(2)소결 분할로 인하여 신설되는 회사가 분할전 회사로부터 승계한 부동산 및 부동산에 관한 권리의 등기시에 는 국민주택채권의 매입이 면제된다.

9. 토지거래허가구역 내 토지라도 허가가 필요 없나요

6. 토지거래허가 (1)관련법률 부동산거래신고등에관한법률

제14조(국가 등의 토지거래계약에 관한 특례 등)

① 제11조제1항을 적용할 때에 그 당사자의 한쪽 또는 양쪽이 국가, 지방자치단체, 「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사(이하 “한국토지주택공사”라 한다), 그 밖에 대통령령으로 정하는 공공기관 또는 공공단체인 경우에는 그 기관의 장이 시장ㆍ군수 또는 구청장과 협의할 수 있고, 그 협의가 성립된 때에는 그 토지거래계약에 관한 허가를 받은 것으로 본다.

② 다음 각 호의 경우에는

제11조(토지거래허가/ 염법 보충)를 적용하지 아니한다.

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 토지의 수용

2. 「민사집행법」에 따른 경매

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

부동산거래신고등에관한법률 시행령

제11조(국가 등의 토지거래계약에 관한 특례)

③ 법 제14조제2항제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

11. 「상법」 제3편제4장제10절(해산)ㆍ제11절(회사의 분할), 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」의 절차에 따라 법원의 허가를 받아 권리를 이전하거나 설정하는 경우

(2)소결 토지거래허가구역에 있는 토지에 관한 소유권ㆍ지상권(소유권ㆍ지상권의 취득을 목적으로 하는 권리를 포함한다)을 이전하거나 설정(대가를 받고 이전하거나 설정하는 경우만 해당한다)하는 계약(예약을 포함한다. 이하 “토지거래계약”이라 한다)을 체결하려는 당사자는 공동으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수 또는 구청장의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. 그러나 회사의 분할을 원인으로 토지의 소유권이 이전될 때에는 토지거래허가구역 내에 있는 토지라 하더라도 토지거래허가를 받지 않는다고 판단한다.

10. 분할계획서에 검인을 받아야 하나요

7. 검인여부 계약을 원인으로 소유권이전등기를 신청할 때에는 계약서에 검인신청인을 표시하여 부동산의 소재지를 관할하는 시장(구가 설치되어 있는 시에 있어서는 구청장)·군수(이하 "시장등" 이라 한다) 또는 그 권한의 위임을 받은 자의 검인을 받아 관할등기소에 이를 제출하여야 한다. 그런데 회사분할을 원인으로 한 소유권이전을 할 때 물적분할의 경우에는 분할의 원인서면에 검인을 받아야 한다고 주장하는 경우도 있었다. 그러나 분할의 원인서면인 분할계획서는 계약서가 아닌 단독행위에 따른 결정서에 불과하다. 따라서 인적분할이던, 물적분할이던 분할계획서에 검인을 받을 필요가 없다고 판단한다.

11. 부동산거래가액신고와 인지는 어떻게 처리하나요

8. 부동산거래가액신고여부 거래당사자(매수인 및 매도인을 말한다.)는 부동산 또는 부동산을 취득할 수 있는 권리에 관한 매매계약을 체결한 때에는 부동산 등의 실제 거래가격 등을 거래계약의 체결일부터 30일 이내에 매매대상부동산(권리에 관한 매매계약의 경우에는 그 권리의 대상인 부동산) 소재지의 관할 시장·군수 또는 구청장에게 공동으로 신고하여야 한다. 회사분할을 원인으로 한 소유권이전시에 물적분할의 경우에는 매매가 아니므로 부동산거래가액신고를 할 필요가 없다고 판단한다.

9. 인지 국내에서 재산에 관한 권리등의 창설·이전 또는 변경에 관한 계약서 기타 이를 증명하는 문서를 작성하는 자는 당해 문서를 작성할 때에 이 법에 의하여 당해 문서에 대한 인지세를 납부할 의무가 있다. 회사분할의 원인서면인 분한계획서는 부동산의 이전에 관한 문서이므로 인지법상의 인지를 납부하여야 한다.

12. 분할과 함께 챙겨야 할 실무 승계 사항은 무엇인가요

Ⅲ.기타 분할과 관련하여 알아 두어야 할 실무 1.분할방식에 따른 공사실적 승계 건설회사 분할을 할 때 공사실적이 승계되는지 여부가 분할의 관건이 된다. 인적분할이던 물적분할이던 분할계획서에 의해 포괄양수도가 인정되면 공사실적이 승계된다.

관련예규 담당기관　건설정책관 관련법령　건설산업기본법 제17조 담당부서　건설산업과 전화번호 등록일자　2008.09.05 제 목 분할방식에 따른 공사실적 승계 첨부파일 질의내용　분할 후 자산이 변동하지 아니하는 물적분할의 경우에도 공사실적이 승계되는지 여부 회신내용

1. 건설산업기본법 제17조의 규정에 의한 건설업의 양도가 양도인의 건설업에 관한 자산과 권리, 의무의 전부를 포괄적으로 양도하는 경우로서 동법 시행규칙 제18조제5항제3호에 해당되는 경우에는 동법시행규칙 제23조제4항 및 제5항의 규정에 의거 양도인의 건설업영위기간과 공사실적을 승계하여 인정받을 수 있을 것입니다.

2. 이 경우, 분할의 방식이 인적분할인가 물적분할인가를 구분하고 있지 아니하므로 분할계획서 또는 건설업양수도계약서 등 분할관련 서류 등으로 포괄양수도인지만을 확인하면 충분 할 것입니다.

2.공장등록 분할신설회사가 공장을 포괄승계한 경우 공장등록을 다시 하여야 한다.

3.KS 인증 회사분할을 원인으로 하여 KS 인증이 포괄적으로 승계되지 아니하므로, 처음부터 KS 인증 절차를 다시 거쳐야한다.

4.차량의 이전 회사분할을 원인으로 차량의 등록을 이전할 때에 차량이 분할로 인해 취득하는 재산이 되므로 등록세가 면제된다. 분할을 원인으로 한 차량이전에 주의할 점은 분할효력발생일로부터 2주이내에 이전등록을 신청하여야 하며, 2주가 지나면 과태료가 부가된다.

5.퇴직금의 승계 분할신설회사로 승계된 종업원의 퇴직금은 분할되는 회사의 퇴직금을 승계하므로, 분할신설하는 회사로 승계되는 종업원에 대한 분할되는 회사의 퇴직금은 지급하지 않는다.

6. 개인정보이전 분할하는 회사에서 분할신설회사로 개인정보가 이전되는 경우에는 개인정보 이전절차를 거쳐야 한다.